В августе 1582 года А.Поссевин в отчёте Венецианской синьории заявил, что «Московскому государю жить недолго». В феврале и начале марта 1584 года царь ещё занимается государственными делами. К 10 марта относится первое упоминание о болезни (когда был остановлен на пути к Москве литовский посол «в связи с государевым недугом). 16 марта наступило ухудшение, царь впал в беспамятство, однако 17 и 18 марта почувствовал облегчение от горячих ванн. Но после полудня 18 марта царь умер.
Вифлиофика сохранила предсмертное поручение царя Борису Годунову: «Егда же Великий Государь последнего напутия сподобися, пречистаго тела и крови Господа, тогда во свидетельство представляя духовника своего Архимандрита Феодосия, слез очи свои наполнив, глаголя Борису Феодоровичу: тебе приказываю душу свою и сына своего Феодора Ивановича и дщерь свою Ирину…»
Также перед смертью, согласно летописям, царь завещал младшему сыну Дмитрию Углич со всеми уездами (По приказу Б.Годунова малолетний Дмитрий был убит – зарезан).
Достоверно выяснить, была ли смерть царя вызвана естественными причинами или была насильственной, затруднительно.
Существовали упорные слухи о насильственной смерти Грозного. Летописец XVII века сообщал, что «царю дали отраву ближние люди». По свидетельству дьяка Ивана Тимофеева Борис Годунов и Богдан Бельский «преждевременно прекратили жизнь царя». Коронный гетман Жолкевский также обвинял Годунова: «Он лишил жизни царя Ивана, подкупив врача, который лечил Ивана, ибо дело было таково, что если бы он его не предупредил (не опередил), то и сам был бы казнён с многими другими знатными вельможами». Голландец Исаак Масса писал, что Бельский положил яд в царское лекарство. Горсей также писал о тайных замыслах Годуновых против царя и выдвинул версию удушения царя, с которой согласен В.И.Корецкий: «Повидимому, царю дали сначала яд, а затем для верности, в суматохе, поднявшейся после того, как он внезапно упал, ещё и придушили». Историк Валишевский писал: «Богдан Бельский (со) своими советниками извёл царя Ивана Васильевича, а ныне