Главным помощником ректора служил префект, преподававший во втором по порядку из высших классов (риторики, позже философии), который принимал учеников в коллегию, записывая их имена в особую книгу, следил за поведением и успехами, переводил из класса в класс, делал выговоры и даже наказывал младших учеников.[317] Нужно отметить и еще один момент, сближавший могилянскую коллегию с иезуитскими: в отличие от прежних братских школ, здесь преподавали только монахи, а для подготовки иноков-учителей Могила даже предлагал установить им обязательное послушание в особом монастыре под Киевом.[318]
После смерти Петра Могилы вопрос об укреплении прав Киевской коллегии периодически поднимался запорожскими гетманами в эпоху начавшихся войн между казаками и польской шляхтой. В то же время сами эти войны сказались на состоянии коллегии крайне негативно: в 1651 г. она вместе с Киевом впервые была разгромлена польскими войсками, затем ее масштабные разрушения повторились в 1658 и 1665 гг. Главным же результатом заступничества запорожцев стало упоминание Киево-могилянского училища в тексте Гадячского договора от 6 сентября 1658 г. между гетманом Иваном Выговским и Речью Посполитой, ратифицированным сеймом в следующем 1659 г. и вошедшем, тем самым, в сеймовые конституции – источник польского права. Шестой и седьмой пункты договора гласили: «Академии в Киеве быть с преимуществами, равными Краковской, с тем однакож, чтобы здесь не было ни профессоров, ни учеников исповедания арианского, кальвинского и лютерского; прочие же все школы католические, какие дотоле были в Киеве, вывести в другие места, где нет русских жителей», а также «дозволить и другую академию завести на том же основании, где сподобнее усмотрится, и в том месте другим иноверным школам также не быть».[319]
Гадячский договор – единственный в законодательстве Речи Посполитой XVII в., где речь идет о присвоении киевскому училищу статуса академии-университета. Он создавал необходимую правовую базу для существования православного высшего училища, к которой стремился еще митрополит Петр Могила. Но, к сожалению, реализации договора помешала продолжавшаяся русско-польская война и плачевное состояние самой могилянской коллегии: в том же 1658 г. пожар уничтожил не только здания братского монастыря, но и все документы, закреплявшие собственность на принадлежавшие ей земли и фундуши, которые тут же попытались у нее отнять. В прежнее положение коллегию формально приводила грамота короля Михаила Вишневецкого (1670), указавшего «Киевскую Могилянскую коллегию на ее местах, грунтах и давних фундациях восстановить».[320] В реальности же учебная деятельность коллегии уже была к этому моменту восстановлена братским игуменом