Поскольку для университетской истории после Реформации была свойственна конфессионализация (суть которой, напомним, заключалась в том, что каждое государство основывало или обращало университеты в официально поддерживаемую им конфессию), то Россию естественным образом ожидало создание не католического, а православного университета. Однако первые попытки его организации, предпринимавшиеся в восточных землях Речи Посполитой, вскрыли ряд трудностей, которые нужно было преодолеть, чтобы встроить новое училище в систему церковно-государственных и общественных отношений. Похожие трудности проявились и в Московском царстве XVII в., приведя к тому, что процесс открытия затянулся здесь на несколько десятилетий.
Одной из главных трудностей служило отторжение в массовом церковном сознании новых понятий и принципов, которые несло высшее образование, тем более что они шли с «еретического» Запада и на чужом языке. Как точно заметил В. О. Ключевский, с точки зрения московских людей, особенно распространившейся после Смутного времени, изучение наук казалось изменой древнерусской старине, вековым устоям религиозного быта, а значит, занятием не только не нужным, но и небезопасным, способным повредить вере, и, в конечном счете, погубить душу.[336] О том, что подобные мнения были распространены в православной церкви не только на территории российского государства, но и на других землях, свидетельствует приведенный выше пример Иоанна Вишенского.
Поэтому