Таким образом, мотивы и возможность Яна Замойского основать университет становятся достаточно ясными. Только человек с таким огромным авторитетом и влиянием в Польском королевстве, к тому же поддерживавший постоянные связи с Италией, мог добиться от римского папы полномочной грамоты на открытие университета со всеми надлежащими привилегиями. При этом Замойский выступал для понтифика в той же роли, что, например, католические светские или духовные князья Священной Римской империи, тем более что он гарантировал финансирование академии из собственных доходов. Помимо санкции от главы католической церкви академия должна была поддерживаться и местной церковной властью, поэтому канцлером Замойской академии был назначен холмский епископ.[250] В этом смысле статус новой академии ничем не отличался от других католических университетов Центральной и Восточной Европы.
Различие, однако, резко выразилось в том, что академия первоначально не имела королевской привилегии. Именно потому, что решение о ее открытии было принято в разгар конфликта с королем, Замойский не захотел прикрыть свое обращение в Рим королевской санкцией, «подсказать» Сигизмунду мысль об основании университета, как делали многие советники монархов до него. Напротив, он демонстративно получил папскую буллу в обход короля, противопоставив себя ему и показывая степень своего могущества в русле общей тенденции Речи Посполитой к независимости шляхты от королевской власти. Только в 1601 г., когда обустройство академии уже было в целом закончено, Замойский издал ее устав и составил полный штат, а учеба студентов шла в полном разгаре, Сигизмунд III признал своей грамотой ее права.[251]
Гордость создателя и уверенность в широком предназначении академии для страны звучали в речи Яна Замойского, посвященной ее открытию: «Без науки и знания не может быть ни добродетели даже, ни славы. Без них