Академия в Коложваре сразу же получила организацию в духе еще неизданного тогда Ratio Studiorum, с философскими и богословскими классами, заменявшими факультеты. В привилегии предусматривался, впрочем, и юридический факультет. Доступ в низшие гимназические классы при академии был открыт для всех, в том числе и молодежи не католических исповеданий, вследствие чего больше половины учеников гимназии были протестантами. Первым ректором Коложварской академии в течение нескольких месяцев был иезуит Антонио Поссевино, отправившийся отсюда в свое знаменитое путешествие ко двору Ивана Грозного. Но после смерти Батория сейм Трансильвании в 1588 г. постановил изгнать иезуитов из княжества: депутаты от протестантского городского большинства опасались, что деятельность академии способна разрушить конфессиональное равновесие в крае. Правда, академия на некоторое время возобновила свою деятельность при Сигизмунде Батории в 1595 г., но в 1605 г. была вторична закрыта, на этот раз окончательно, так что даже само ее здание и значительная часть библиотеки подверглись разрушению со стороны протестантов.[243]
Изгнанные из Трансильвании иезуиты вернулись в пределы Венгерского королевства, в город Трнава на территории нынешней Словакии (нем. Tyrnau, венг. Надьсомбат). Здесь еще в 1561 г. была основана их первая венгерская резиденция. Расположенная на северо-западе королевства, вблизи границы с Моравией и Польшей, Трнава не подвергалась османской угрозе и в начале XVII в. являлась местом пребывания архиепископов Эстергомских, обладателей высшей католической церковной должности в Венгрии.
В 1616 г. в этот сан был возведен видный деятель Контрреформации, известный писатель эпохи Барокко Петр Пазмани, прошедший до этого все ступени образовательных училищ иезуитов и окончивший обучение в иезуитском университете в Граце. Именно Пазмани способствовал возвращению иезуитов в Трнаву, а затем преобразованию их коллегии в академию. 12 мая 1635 г. архиепископ издал грамоту, которая предоставляла в собственность будущей академии капитал в 100 тысяч форинтов. За утверждением проекта академии Пазмани вначале обратился к папе римскому Урбану VIII, однако встретил в его лице решительного противника усиления школ в габсбургских землях, который отказался утвердить иезуитский проект под предлогом