В 1927 году Перегудов зачисляется слушателем Военно-морской академии им. К. Е. Ворошилова, которую заканчивает с отличием в 1930 году. После защиты дипломной работы на тему «Эскадренные подводные лодки» ему присваивается звание морского инженера.
В 30-е годы Владимир Николаевич был послан в Германию для покупки подводной лодки.
В 1937 году по ложному доносу его арестовывают. Несколько дней он проводит в одной камере с К. К. Рокоссовским, будущим маршалом Советского Союза.
Через год его освобождают и восстанавливают во всех правах, предоставив возможность вернуться на работу по созданию отечественных подводных лодок. Он был главным конструктором массовой дизельной подводной лодки 613 проекта в ЦКБ-18.
В 1947 году Владимир Николаевич переводится в ЦНИИ-45 (ныне ЦНИИ им. А. Н. Крылова) на должность начальника отдела, а с 1951 года становится там заместителем директора института по научной части. Научные и практические успехи В. Н. Перегудова позволили ему в 1953 году возглавить СКБ-143, ныне СПМБМ «Малахит». Судьба, а может быть, его исключительные инженерно-технические способности и организаторский талант привели Владимира Николаевича к созданию первой атомной подводной лодки в нашем Отечестве».
Г. Г. Костев и И. Г. Костев совершенно справедливо пишут о том, что подводные лодки 613 проекта в конце 50-х и в 60-е годы прошлого столетия были гордостью Советского Союза, они были вполне совершенными по тому времени, достаточно надёжными подводными кораблями. Большая заслуга в этом учёных, инженеров и, конечно, конструкторов, создавших серию подводных лодок проекта 613 – самую многочисленную за всю историю нашей страны от царских времён до наших дней. Следует говорить о трёх конструкторах, и вряд ли правомерно выделять отдельно одного из них:
«Это Дерибин Зосима Александрович (1901−1986), Евграфов Яков Евграфович (1904−1958) и Перегудов Владимир Николаевич (1902−1967)…
Проект пл 613 был разработан в ЦКБ-18 на основании тактико-технического задания, утверждённого Наркомом ВМФ Н. Г. Кузнецовым в августе 1946 года. Главным конструктором проекта был назначен В. Н. Перегудов, а затем им стал Я. Е. Евграфов. Дело в том, что в 1952 г. началось проектирование первой советской атомной пл, главным конструктором её стал именно В. Н. Перегудов. А после отстранения от должности Я. Е. Евграфова и ухода В. Н. Перегудова вся ответственность за реализацию проекта легла на плечи З. А. Дерибина. Но делить их «доли» в создании 215 лодок проекта 613 вряд ли целесообразно…
Особенностями советской средней лодки проекта 613 являлись:
– торпедные аппараты беспузырной стрельбы (ТА с БТС);
– установка РЛС, а также новых ГАС;
– внедрение новой системы регенерации воздуха (РДУ);
– применение для корпуса пл новой легированной стали;
– обеспечение непотопляемости пл при затоплении любого одного из семи отсеков пл с двумя прилегающими к нему цистернами