В 1645 году Блейка избрали в «долгий парламент». Когда потребовалось воссоздать флот, Оливер Кромвель в феврале 1649 года поручил это Блейку, кавалерийскому полковнику.
В начале англо-голландской войны 1652–1654 годов Блейк принял командование флотом в Ла-Манше. Первое боевое столкновение произошло 29 мая 1652 года, до начала войны, когда английские корабли атаковали голландскую эскадру после отказа Тромпа приспустить флаг в виде приветствия. Голландцы, потеряв два корабля, ушли в свои порты.
В сражении у мели Кентиш-Нок Блейк по-кавалерийски стремительно атаковал, не дав возможности противнику выстроить флот. Англичане сначала нанесли ущерб рангоуту голландцев, ухудшая их маневренность, а затем сосредоточили огонь по корпусам. Голландские авангард и центр сражались отважно, тогда как арьергард умышленно избегал боя. Англичане решительно нападали, прибегая к абордажу. Голландские корабли были избиты, флагман Рюйтера получил четыре пробоины у ватерлинии. Сражение кончилось с наступлением темноты. Голландцы лишились 20 судов. К Блейку пришло подкрепление из Плимута. Отказавшись от продолжения баталии, 13 октября 1652 года голландцы вернулись в свои порты.
К декабрю голландцы восстановили численность флота, доведя его до 70 кораблей и нескольких брандеров. Правда, корабли эти, в основном, являлись вооруженными торговыми судами. В сражении у мыса Денджнесс 10 декабря первоначально голландцы выдержали натиск англичан, но затем заставили Блейка отступить к Темзе и энергично его преследовали. Два английских корабля сдались и три были уничтожены.
В следующем бою, 27 февраля 1653 года, англичане лишились 6 кораблей и потеряли более 2000 убитых и раненых, голландцы – 9 военных и 24 коммерческих судов, но победа осталась за ними.
В сражении 12–13 июня у мели Габбард (у Ньюпорта) после первого дня баталии, превратившейся в свалку, появление 18 кораблей Блейка помогло Монку одержать победу. Англичане с утра возобновили сражение. Воспользовавшись столкновениями голландских судов в центре, они взяли 15 кораблей. К вечеру разбитые голландцы отступили к Вилингену.
Когда в 1654 году был заключен мир с Голландией, Кромвель поручил Блейку продемонстрировать британскую морскую мощь на Средиземном море. В 1654–1656 годах адмирал командовал эскадрой и заставил всех с уважением относиться к флагу республиканской Англии. Чтобы защитить английскую торговлю в Неаполе от французов, Блейк наложил контрибуцию на герцога Тосканского и мальтийских рыцарей, а Папу Римского заставил заплатить штраф за несколько захваченных английских судов, которые принц Руперт продал на папской