Бородин хотел иметь под рукой надежного помощника вне всяких подозрений, способного помочь ему управлять имуществом Кремля. Международный опыт кандидата показался ему достаточным, даже если краткое пребывание Путина в Дрездене выглядело не слишком солидным для такого поста. После Санкт-Петербурга и работы в команде Анатолия Собчака Путин вошел в другой мир, где деньги в большом бизнесе крутятся с мгновенной быстротой. Он служил в команде другого лидера, который однажды, как Собчак, будет втянут в скандальное дело о коррупции: дело Mabetex. Бородин был арестован 18 января 2001 года ФБР в Нью-Йорке по обвинению Швейцарии, которая требовала его экстрадиции. Заключенный в тюрьму из-за обвинения в получении крупной суммы денег от строительной компании Mabetex в обмен на предоставление выгодных заказов, в том числе на реконструкцию Московского Кремля. Позднее все обвинения с Бородина были сняты.
Хотя Путина в Москву позвал Бородин, он начал работать под руководством другой ключевой фигуры того времени – Анатолия Чубайса. Этот экономист очень быстро приспособился к рыночной экономике и стал тем человеком, которому фактически поручили создать новую экономику. Он заменил Егорова на посту главы Администрации Президента. У него было немало интересных идей, которые он стремился реализовать. Родом из Белоруссии, сын полковника, ставшего преподавателем марксизма-ленинизма, Чубайс и сам преподавал в Ленинградском инженерно-экономическом институте им. Пальмиро Тольятти в 1990 году. Чубайс вступил в КПСС в 1980 году, но через семь лет он примкнул к группе реформаторов, поддерживавших «перестройку» Горбачева.
Так или иначе, но именно Чубайс стал хозяином программы либеральных реформ в России. В народе отношение к Чубайсу было скорее негативным, поскольку стремительная либерализация и жесткие экономические реформы имели очень тяжелые социальные последствия, сильно ударив по благосостоянию народа. Его первая встреча с Путиным произошла в мэрии Ленинграда, когда Чубайс был экономическим советником мэра Анатолия Собчака. Чубайс и Путин оценили друг друга, но «Маленький Володя» был еще слишком прост.
Для Чубайса Санкт-Петербург был лабораторией, где он мог отточить свои идеи. Он хорошо понял, что у России нет другой альтернативы, кроме как влиться в рыночную экономику. И с этого момента он возглавлял движение «за свободный рынок». После провала путча ГКЧП в августе 1991 года Чубайс вошел в команду Бориса Ельцина в Москве в качестве советника в новом «правительстве реформ» Егора Гайдара. Его первым назначением был пост председателя Государственного комитета Российской Федерации по управлению государственным имуществом – Госкомимущества.
В июне 1992 года он был назначен заместителем председателя правительства Российской Федерации по вопросам экономической и финансовой политики в правительстве