По замыслу Никонова «потаенное судно Морель» должно было скрытно доставлять водолаза-диверсанта к вражескому кораблю, после чего водолаз выходил из подводного судна и особыми инструментами разрушал днище корабля или же прикреплял к его корпусу пороховой подрывной снаряд-бочонок Таким образом, Ефим Никонов первым выдвинул идею доставки водолаза к цели на подводной лодке с последующим выходом его из нее в подводном положении через шлюзовую камеру для проведения диверсии. Более того, он предложил также схему индивидуального водолазного снаряжения, состоящего из кожаного костюма и головного шлема в виде жесткого, обтянутого кожей бочонка со стеклянным окошком для обозрения. Сохранились рисунки и описания снаряжения, сделанные самим изобретателем: «Для ходу на воде надлежит сделать на каждого человека из юхновых кож по два камзола со штанами да и на голову по обшитому или по обивному деревянному бочонку, на котором сделать против глаз окошки и обить его свинцом с лошадиными волосами, сверх того привязать будет для груза по пропорции свинец или песок».
Осенью 1724 года в Санкт-Петербурге на Галерном дворе в присутствии Петра I состоялся спуск на воду «потаенного судна» – первой российской подводной лодки, и сразу же начались ее испытания. При одном из погружений было серьезно повреждено деревянное днище подлодки, вода стала проникать внутрь корпуса, и подлодку пришлось вытащить на берег. Император велел исправить повреждения, чтобы затем продолжить испытания. Однако ремонт подлодки затянулся. А между тем, в январе 1725 года последовала внезапная смерть Петра I, и интерес к изобретателю-самоучке сразу снизился. Как бы по инерции эксперименты с подлодкой еще какое-то время продолжались, но из-за невозможности добиться герметичности работы над «потаенным судном» в 1727 году были окончательно прекращены. Настойчивые попытки Никонова добиться разрешения и средств на продолжения работ по совершенствованию своего детища навлекли на него гнев и опалу царских вельмож Его разжаловали из мастеров в простые «адмиралтейские работники» и сослали на верфь города Астрахани,