В начале октября 1918 года, в связи с дальнейшим обострением обстановки на фронтах Гражданской войны, руководство всеми органами военного контроля (контрразведка) и агентурной разведкой сосредоточивается в Полевом штабе Революционного военного совета Республики (РВСР), образованного в сентябре 1918 года. Одной из функций штаба являлось составление докладов о стратегическом положении на фронтах, оперативных и разведывательных сводок, а также учет вооруженных сил, сбор и обработка всей информации о вооруженных силах противника. Надо отметить, что в тот период в Полевом штабе работали и бывшие офицеры царской армии, в свое время окончившие Академию Генерального штаба и имевшие необходимые профессиональные навыки по организации разведки, обработке и анализу разведывательной информации. К примеру, разведывательный отдел Полевого штаба возглавлял бывший полковник Генерального штаба, знаменитый впоследствии Маршал Советского Союза Борис Михайлович Шапошников (1882–1945).
1 ноября 1918 года заместитель председателя РВСР Эфраим Маркович Склянский (1892–1925), член РВСР Карл-Юлий Христианович Данишевский (1884–1938) и главнокомандующий Вооруженными силами республики Иоаким Иоакимович Вацетис (Вациетис, 1873–1938) утвердили штат Полевого штаба РВСР. До надлежащих учреждений и лиц он был доведен секретным приказом РВСР № 197/27 от 5 ноября 1918 года. Согласно штатам, было сформировано всего шесть управлений. Руководство войсковой (тактической) разведкой возлагалось на Разведывательное отделение (часть) Оперативного управления, а агентурной – на Регистрационное управление (Региструпр) Полевого штаба. Последнее позже и стали считать родоначальником нынешнего Главного разведывательного управления Генерального штаба Вооруженных сил. Пятого же ноября, ежегодно, все военные разведчики Советского Союза / Российской Федерации стали отмечать как День рождения своего разведывательного органа.
Вначале в состав Регистрационного управления входило два отдела: агентурный (разведывательный) и военного контроля (контрразведывательный). В самом конце января 1919 года Революционный военный совет Республики, в связи с увеличением специфических задач, дополнил штаты Регистрационного управления Полевого штаба созданием Морского агентурного отделения, сосредоточившего в своем ведении морскую агентурную разведку вооруженных сил республики. К сведению, 29 января 1999 года разведка Военно-морского флота Российской Федерации, не афишируя, но торжественно отметила свое 80-летие.
В феврале 1919 года при Регистрационном управлении был организован уже Морской разведывательный отдел (2-й,