Расширение ЭПРОНа потребовало подготовки тысяч водолазов-специалистов, поэтому в 1925 годув Крыму, в городе Балаклаве, были открыты водолазные курсы, преобразованные затем в первый в стране водолазный техникум. Глубокая незамерзающая бухта Балаклавы позволила производить спуски круглый год. Здесь же, наряду с обучением и повышением квалификации, начались весьма важные научно-исследовательские работы, которые шли по двум направлениям: усовершенствование водолазной и судоподъемной техники и изучение влияния повышенного давления на организм человека при глубоководных спусках. Данную работу возглавила Военно-медицинская академия. Количество профессиональных водолазов росло с необычайной быстротой. Через девять лет после создания ЭПРОНа их насчитывалось уже порядка четырех с половиной тысяч. Для выполнения специальных подводных задач из особо подготовленных водолазов Экспедиции были сформированы группы минеров.
В 1927 году решением Центрального исполнительного комитета и Совета народных комиссаров для судов ЭПРОНа были введены кормовой флаг и вымпел, а кадровому составу Экспедиции дано право ношения формы и знаков различия Военно-морских сил.
В 1931 году ЭПРОН из состава ОГПУ была передана в ведение Народного комиссариата путей сообщения, а в 1936 году – во вновь созданный Народный комиссариат водного транспорта.
В 1941 году Экспедиция подводных работ особого назначения вошла в состав Военно-морского флота СССР, сохранив на первое время свое первоначальное название.
За годы своей деятельности Экспедиция успешно провела большое количество судоподъемных, аварийно-спасательных, подводно-технических и специальных работ. К наиболее известным относятся: подъем кораблей эскадры Черноморского флота, затопленных в районе города Новороссийска 18 июня 1918 года; подъем ледокола «Садко»; подъем и буксировка в Кронштадт британской подводной лодки «L-55», которая в 1919 году в бою у острова Сескар в Финском заливе попала на минное поле и, подорвавшись, затонула (после ремонта эта подлодка вошла в состав Балтийского флота); спасение ледоколов «Малыгин» у берегов Шпицбергена и «Александр Сибиряков» у Новой Земли; обеспечение важных операций оборонного значения по проводке по Беломорско-Балтийскому каналу из Балтийского моря на Север эскадренных миноносцев, сторожевых кораблей и подводных лодок для формирования Северной военной флотилии (с 1937 года – Северный флот). Всего с 1923 по 1941 год эпроновцы осуществили подъем с глубин около 450 кораблей и судов, оказали помощь 188 судам, терпящим бедствие.
С