25. novembri 1991. a koosolekul kinnitati kliinikute nimekiri koos nende alla kuuluvate osakondade loeteluga.20 Esinesid ka mõningad lahkuminekud hilisemast süsteemist. Kardiokirurgiaosakond jäi kardioloogiakliiniku alla (praegu on nad jälle ühendatud), laste intensiivravi osakond loetelus puudub, sest seda polnud veel olemas. Tartu kliinilise haigla laboratoorium otsustati anda sisekliiniku ja vereülekandeosakond haavakliiniku kureerimisele (ilmselt oli käibel kaks erinevat kliiniku nime).
Kinnitati juhatuse töökorraldus: kord nädalas istungid, konsensuse puudumisel on määrava tähtsusega hääletused. Otsusele eelnenud lõpphääletusel võisid ruumis viibida vaid Kliinikumi juhatuse liikmed ja tehnilised töötajad. Valmisid ka planeeritavad kliinikute koosseisud, kuid rakenduseni paraku ei jõutud, sest ilmnesid uued asjaolud.
Ebameeldivaks üllatuseks oli see, et haiglad olid vaid kas munitsipaalomandis või riigihaiglad ja ülikooli nõukogu otsused polnud legitiimsed, enne kui kohalik omavalitsus ja riik polnud asjale oma positiivset hinnangut andnud. Loomulikult paiskas see segi kogu Kliinikumi loomise graafiku.
27. jaanuaril 1992 pöördus rektor prof Jüri Kärner peaminister Edgar Savisaare poole dekaan Lembit Allikmetsa poolt ettevalmistatud kirjaga, milles käsitleti Kliinikumi probleeme ja vajadusi. Kõige tähtsamaks kirjas sisaldunud ettepanekuks oli see, et riik võiks anda Tartu Ülikoolile üle 12 raviasutust: Tartu kliinilise haigla, psühhiaatriakliiniku, lastekliiniku, Tartu linna nakkushaigla, kopsukliiniku, onkoloogiadispanseri, vabariikliku endokrinoloogiakeskuse, naistekliiniku, naha- ja suguhaiguste dispanseri, stomatoloogiapolikliiniku, Tartu spordimeditsiinikeskuse, Tartu keskpolikliiniku. Tõenäoliselt peeti silmas endisel N. Pirogovi tänaval asuvat polikliinikut, sest Maarjamõisa polikliinik ei olnud veel valmis. Lisaks korrati ülikooli nõukogu otsust lisafinantseerimise vajaduse kohta. Paraku oli Edgar Savisaare valitsusel jäänud võimul olla veel vaid kaks päeva ja seetõttu mingit reaktsiooni ei järgnenud. Seetõttu pöördus prof Jüri Kärner märtsis uue kirjaga Kliinikumi rahalise toetuse asjus seekord haridusminister Rein Loigu poole. Küsitavaks summaks oli 17 miljonit rubla. Ühtlasi lisati (toniseerivalt), et kehtiva seadusandluse juures tuleb ülikoolile niikuinii lisaraha eraldada Kliinikumi nn karbikulude jaoks.
Kliinikumi arendamine edenes aga omasoodu. 31. jaanuaril kinnitas TÜ nõukogu kliinikute põhimääruse.21
Jätkusid korduvad läbirääkimised Tartu linnavalitsusega, mida juhtis algul Toomas Mendelson, hiljem Ants Veetõusme. Tartu linnavalitsuse määrus nr 50 10. veebruarist 1992 „TÜ raviasutuste juhtimiste ümberkorraldamisest” andis munitsipaalraviasutused ülikooli alluvusse alates 1. septembrist 1992.22 Üleandmisele kuulus üheksa raviasutust: lastekliinik, naistekliinik, kopsukliinik, nakkushaigla, onkoloogia ja radioloogia kliinik, naha- ja suguhaiguste kliinik, spordimeditsiinikeskus, hambakliinik, polikliinik Puusepa tänaval. Üldiselt oli see aeg, kus täpsetele nimedele tähelepanu ei pööratud, seda enam, et polnud ka täiesti selge, kes nimesid muutma peaks ja võiks. 3. märtsil 1992 registreeris Tartu linnavalitsus Kliinikumi ettevõtete registrisse numbri 24023075 all ja aktiivsem elu võis alata.23
1. aprillil 1992 määrati keskpolikliiniku juhataja dr Maido Siku käskkirjaga Maarjamõisa polikliiniku peaarsti kohale dr Rein Kermes,24 kelle põhitegevuseks sai nüüd polikliinikuhoone ehituse lõpetamine ja ravidiagnostilise tegevuse organiseerimine.
Tartu linnavalitsuse määrus nr 50 Tartu munitsipaalsete tervishoiuasutuste üleandmisest Tartu Ülikooli haldusele.
Tervishoiuminister Andres Korgi taotlus Tartu Ülikooli tervishoiuasutuste säilitamiseks riigi omandis.
24. aprillil 1992 pöördus tolleaegne tervishoiuminister Andres Kork mitme ministeeriumi ja valitsuse majandusreformikomitee poole ettepanekuga säilitada riigiasutustena Tartu Ülikooli Kliinikumi koosseisus olevad raviasutused. Need olid ka esimesed raviasutused, millele taotleti riigi omandisse jätmist. Samas märgib minister selgituseks, et omandivormi ei soovita muuta.25 Oma vastuskirjas rõhutab rektor kiire otsustamise vajadust, et 1. septembriks Kliinikum käivitada ja märkida ära vajadus tulevasteks riigipoolseteks rahaeraldusteks.26 Kirja valmistasid ette Lembit Allikmets, Raul Talvik ja Urmo Kööbi.
3. juunil andis rektor välja käskkirja arstiteaduskonna professorite konkursikomisjonide moodustamise kohta,27 teaduskonna professorite kõrval olid komisjonis ka juhatusse kuulunud neli peaarsti, Eesti vabariigi peakirurg dr Heino Kokk ja Eesti Arstide Liidu president dr Väino Sinisalu. Vastavalt konkursikomisjoni soovitusele valiti 18-le kohale 17 professorit. Valimata jäi psühhiaatriakliiniku professor.
25. juunil 1992 järgnes rektor prof Jüri Kärneri käskkiri, millega reorganiseeriti arstiteaduskonna kliinilised kateedrid ümber vastavalt eelnevatele plaanidele Kliinikumi struktuuri osas.28 Reorganiseerimise aluseks oli erialaprintsiip, mille alusel liitusid mitmete kateedrite sisehaiguste, kirurgia, kardioloogia, pulmonoloogia ja anestesioloogia erialade õppejõud. Teised kateedrite koosseisud jäid muutmata. Ühtlasi võeti ülikoolis kasutusele mõiste „kliinik” kateedri tähenduses. Tundus, et ülikoolisisene teaduskonna reorganiseerimine oli lõppenud ja arstiteaduskond Kliinikumi tekkeks valmis.
2. juulil 1992 võttis EV Ülemnõukogu Presiidium vastu otsuse jätta Kliinikumi koosseisu tulevad 12 raviasutust riigi omandisse.29 Kliinikumi personalile saadetud infos märgitakse ära edasised plaanid, mis antud küsimust puudutasid. Oli oodata valitsuse otsust raviasutuste üleandmise kohta Tartu Ülikoolile ja sellele järgnevat TÜ rektori käskkirja kliinikute laiendamise kohta.
Tervishoiuminister Andres Korgi käskkiri 30. septembrist 1992 Tartu Ülikooli Kliinikumi moodustamise kohta. Tegemist on Kliinikumi nimepäevaga.
Juulis jõudiski Kliinikumi kahe ministeeriumi ühisotsuse projekt raviasutuste üleandmise kohta. Järgmises versioonis oli riiklik toetusraha küll lisatud, kadunud olid aga riigihaiglate õigused. Projektile oli alla kirjutanud 26 Samas. 29 Samas.
ainult haridusminister Rein Loik.30 Kliinikumi ülalpidamiskulud olid pandud (ebaseaduslikult) Tartu haigekassa õlule. Sellisele kirjale tervishoiuminister Andres Kork ilmselt ei tohtinud alla kirjutada. Tollal kehtiva seadusandluse järgi oleks ülalpidamiskulud tulnud tasuda omanikul ehk Tartu Ülikoolil või siis võtta otse haridusministeeriumi eelarvest. 20. juulil esitas Kliinikumi juhatus oma arvamuse projekti kohta, näidates ära selle vajakajäämised: puudus side tervishoiuministeeriumiga ja täiendav finantseerimine ning ülikoolisisese autonoomia kinnitus. Seejärel esitas juhatus tervishoiuministrile oma projekti.
4. TÜ Kliinikumile säilitada kõik riigihaiglate õigused ja kohustused Eesti Vabariigi ja Tervishoiuministeeriumi ees.
5. Näha ette täiendavate vahendite eraldamine riigieelarvest otse Tartu Ülikooli Kliinikumile. (Käskkirja projekt, juuli 1992.)31
Samal ajal oli riigihaiglate probleem jõudnud ka põhikirja projektini, mis saadeti seisukoha võtmiseks Kliinikumi. Arstiteaduskonna dekaan prof Lembit Allikmets ja peaarstide nõukogu esimees Urmo Kööbi saatsid vastuse koos oma parandustega ja, kui mitmes kord juba, juhtisid tähelepanu Kliinikumile riigieelarvelise toetuse vajalikkuse kohta.
5. septembril 1992 valmis järjekordne Kliinikumi põhikirja projekt,32mis oli selgelt tervishoiuministeeriumikeskne: juhatus ja esimees kinnitatakse kohale arstiteaduskonna ettepanekul viieks aastaks tervishoiuministri poolt. Ülikoolilt on siin