Järgmine arutelu arstiteaduskonna nõukogus, kus puudutati kliinikute küsimust, leidis aset 18. detsembril 1990, seekord tervishoiuminister Andres Ellamaa juuresolekul. Tartu linna tervishoiuasutuste tulevikukontseptsiooni tutvustas linnavalitsuse sotsiaalnõunik Andrus Arro. Tema seisukohtade järgi oleks ülikooli kliinikute tekke eelduseks järgmiste tingimuste olemasolu:
• ülikooli autonoomia ja iseseisev finantseerimine,
• teaduskonna seesmise finantseerimise detsentraliseerimine,
• teaduskonna struktuuri vastavus tervishoiuvõrgu huvidele ja võimalustele,
• kateedrite valmisolek osaleda tervishoiuvõrgu organiseerimises ja haiglate majandamises. (Väljavõte arstiteaduskonna nõukogu koosoleku protokollist nr 5, 18.12.1990)6
Niisiis eeldati, et ülikooli finantsolukord muutub, tema sisemised reeglid tehakse Tartu linna sotsiaalnõuniku arvamise järgi ringi, et teaduskond lähtub riigile vajalike arstide õpetamisel Tartu tervishoiu huvidest ja võimalustest ning et ülikool on nõus finantseerima Tartu haiglaid. Eks pärast kõige nimetatu täidesaatmist ole näha, mis edasi saab. Mida iganes kolleeg Andrus Arro oma jutuga silmas pidas, oli siiski selge – tema on kliinikute tekkele vastu. Samas sõna võtnud prof Raul Talvik juhtis tähelepanu viimasele postulaadile: tegelikult tuleb kliinikuid hoopis riigi poolt toetada. Nõukogu poolt vastuvõetud otsus „Tartu tervishoiu arengukavast Eesti Vabariigi üleminekuperioodil” lähtus ainult kliinikute taastamisest:
• seoses Tartu kliinikute primaarse tähtsusega meditsiinihariduse kandjana pidada vajalikuks vähemalt 50 % Tartu tervishoiu üldkulude katmist vabariigi eelarvest,
• finantseerida uute Tartu kliinikute ehitamist vabariigi (tervishoiu/hariduse) eelarvest, lähtudes eelkõige ülikooli arstiteaduskonna vajadustest,
• pidada Tartu tervishoiu edasises arengus oluliseks kliinikute taastamist. (Arstiteaduskonna nõukogu otsus, 18.12.1990.)7
Koosoleku eesmärk kliinikute osas oli informeerida kõiki osapooli ja kuulata nad ära, aga ka koostada ühine dokument edasiminekuks. Pealegi sillutas minister Andres Ellamaa kohalolek teed edasiseks. Hiljem kohtus Andres Ellamaa arstiteaduskonnaga veel 26. augustil samal aastal.8 Lahkarvamused Andrus Arroga jäid muidugi püsima kuni tema tööaja lõpuni. Arro seisukoht oli, et kõik haiglad tuleb munitsipaliseerida. Põhimõtteliselt oli see ju õige: tollal pidi kohalik omavalitsus lahendama oma territooriumil tervishoiu küsimused ise. Kas seal oli ka mingeid kaudseid isiklikke huve, pole teada. Muidugi hindas Andrus Arro oma võimeid ja positsiooni üle, tal õnnestus kliinikute arengut pidurdada umbes aasta võrra. Kolleeg Arro töötas kopsuhaiglas, mida taotles endale Tartu Tiisikuse Vastu Võitlemise Selts, millega tal olid head sidemed…
Kuna varem või hiljem pidi peaarstide ja ülikooli arstide kokkusaamine ning arutelu Tartu raviasutuste tuleviku üle ka ametlikult toimuma, siis nüüd tehti see kohustuslikuks. Esimene tõsine kohtumine initsiatiivgruppide vahel, kus tutvustati tulevaste ülikooli kliinikute ideoloogiat, leidis aset 1990. aasta detsembrikuus sisekliiniku auditooriumis. Koosoleku kokkukutsuja oli prof Lembit Allikmets, ettekandega esines prof Raul Talvik.
Arstiteaduskonna dekaan prof Lembit Allikmets kutsus meid 4. detsembril 1990 kell 16 Puusepa 6 II korruse auditooriumi nõupidamisele ülikooli kliinikute tuleviku teemal. Otsustati moodustada vastav komisjon, kes hakkab aktiivselt probleemiga tegelema. Tehti ettepanek valida komisjoni esimeheks Raul Talvik, kes esines ka kohe ilmselt juba ettevalmistatud plaaniga. Andrus Arro plaan oli kõik Tartu raviasutused munitsipaliseerida. Lembit Allikmets põhjendas kliinikute staatuse muutmise vajadust sellega, et ära hoida haiglate erastamist ja vajadust kliinikute rahastamise skeemi muutmiseks. (Urmo Kööbi)
Esitatud seisukohad olid muidugi ülikoolikesksed: õppetöö laiendamine arstidele kohustuslikus korras, teadustöö baasi laiendamine samal põhjusel, kohtadele valimine tulevikus jm, kuid tähtsaim oli muidugi idee mitmeallikalisest finantseerimisest ja ülikooli ning kliinikumi ühine palgafond. Samal päeval moodustati ühiskomisjon, kuhu kuulusid professorid Lembit Allikmets, Vello Salupere ja Raul Talvik ning peaarstidest Urmo Kööbi, Ralf Allikvee, Maido Sikk, Enn Püttsepp jt. Koos hakati käima kord nädalas ja arutelu keerles põhiliselt ülikooli kliinikute tuleviku üle ning selle üle, kas kliinikum peaks olema ülikoolist eraldi (nn Soome mudel) või ülikooli katuse all (Saksa mudel). Ka esimeste põhikirjade koostamisel võeti aluseks Saksa ülikoolide dokumendid. Ühel nendest koosolekutest pakkus Lembit Allikmets välja ka nime Tartu Ülikooli Kliinikum.
Arstiteaduskonna nõukogu otsus 23. aprillist 1991 oli juba täielikult pühendatud kliinikutele ja kandis pealkirja „Tartu Ülikooli kliinikutest”.9 Otsusest näeme, et eelnevalt oli kliinikute valitsuse (hiljem siis juhatuse) ja Tartu Ülikooli kliinikute põhimääruste ettevalmistamiseks moodustatud komisjon, mida juhtis prof Raul Talvik. Pärast komisjoni tänamist kavatses arstiteaduskonna nõukogu protsessi jätkata, moodustades kliinikute valitsuse nõukogu järgmises koosseisus: arstiteaduskonna dekaan prof Lembit Allikmets, arstiteaduskonna prodekaan (jäi määramata), Tartu kliinilise haigla peaarst Urmo Kööbi, sisehaiguste nõukogu esimees prof Vello Salupere, kirurgia nõukogu esimees prof Raul Talvik, Tartu linnavalitsuse esindaja sotsiaalnõunik Andrus Arro ning Tartu kliinikute peaarstid Kaljo Mitt ja Ralf Allikvee. Ühtlasi otsustati pöörduda rektor prof Jüri Kärneri poole ettepanekuga alustada Tartu raviasutuste ülikooli alluvusse toomise protsessi. Kliinikute valitsemine oli plaanis viia läbi peaarst-direktori ja majandusaparaadi abil, kusjuures vastloodud nõukogu oleks kõrgeimaks võimuks selles süsteemis.
Põhikirjas on huvitav idee: mitte ainult kliinikute valitsus ja raviasutused pole eraldi juriidilised isikud, vaid ka ülikooli kliinikud on seda. Seega siis paiknesid üksteise sees neli astet: ülikool, kliinikute valitsus, raviasutus ja kliinik. Niisugune süsteem poleks küll efektiivselt funktsioneerida saanud! Kliiniku juhataja rolli nähti kõikide suundade juhina õppe-, teadus- ja ravitöös. Finantsallikates puudus veel õppebaasi riiklik toetus. Kliinikute valitsuse juhiks oli arstiteaduskonna dekaan, seega olid ka kliinikud struktuuriliselt paigutatud laiali arstiteaduskonna sisse.
Tartu Ülikooli rektori prof Jüri Kärneri käskkiri 25. juunist 1992 nr 456-k Tartu Ülikooli kliinikute taastamise alustamisest.
Seni oli kõik toimunud vaid ideede tasandil, nüüd oli aeg edasi minna. Esimesed tõsisemad muutused, mis said Kliinikumi tekke aluseks, viidi läbi samuti Tartu Ülikoolis ja need puudutasid arstiteaduskonna struktuuri muudatusi: kateedrite asemele tekkisid instituudid ja erialakliinikud.
25. juunil 1991. aastal allkirjastas rektor prof Jüri Kärner vastavalt arstiteaduskonna dekaani esitisele käskkirja nr 456-k: „Taastan Tartu Ülikooli kliinikud 01. septembriks 1992, reorganiseerides arstiteaduskonna alljärgnevad kliinilised kateedrid…” Järgneb loetelu 17 uuest kliinikust ja nende lähtekomponentidest kateedrite kaupa: sisekliinik, kardioloogiakliinik, kopsukliinik, traumatoloogia ja ortopeedia kliinik, kirurgiakliinik, anestesioloogia ja intensiivravi kliinik, nahahaiguste kliinik, nakkushaiguste kliinik, silmakliinik, kõrvakliinik, radioloogia ja onkoloogia kliinik, naistekliinik, psühhiaatriakliinik, lastekliinik, stomatoloogiakliinik, spordimeditsiini ja taastusravi kliinik. Neist viimase seitsme loomisega ei kaasnenud õppejõudude ümberpaigutusi, ülejäänud kümne puhul aga küll. Tuleb märkida prof Jüri Kärneri tõsist toetust Kliinikumi idee läbiviimisel. Muide, juba tema ajal oli arutelul küsimus arstiteaduskonna üliõpilaste vastuvõtu vähendamisest, aga prof Jüri Kärneri vastuseisu tõttu tema valitsemisajal õnneks seda ei tehtud. Kogu aeg peeti ka läbirääkimisi tervishoiuministeeriumi, rektoraadi ja Tartu linnavalitsusega. 26. juulil 1991. aastal toimus järjekordne arutelu linnavalitsuses, kus kokkuleppele jällegi ei jõutud. Linnavalitsuse koosolek oli pühendatud tervishoiu reorganiseerimisele seoses kindlustusmeditsiini käivitumisega järgmisel aastal, seetõttu arutati seal ka kliinikute taastamist. Koosoleku lõpul allkirjastasid