Kliinikute (võeti ülikoolilt ära pärast sõda) taastamine on takerdunud linna sotsiaalnõuniku obstruktsionistliku tegevuse tõttu. Osaledes ise komisjoni ja peaarstide nõukogu koosolekutel dokumentide ettevalmistamises ja nõustudes redaktsioonidega, avaldab ta mõni päev hiljem pikkades kirjades vastupidiseid seisukohti: sotsiaalnõuniku seisukohad lähevad paljus lahku nii töökomisjoni, arstiteaduskonna nõukogu kui ka peaarstide nõukogu seisukohtadest. (Eriarvamuste protokoll, 28.08(?).1991.)10
15. septembril 1991 peeti tervishoiuminister Andres Ellamaa juures nõupidamine, mille otsus oli Kliinikumi jaoks väga tähtis: Tartu haiglate üleandmine Tartu Ülikoolile. See oli esimene ametlik märk Kliinikumi tekke kohta. Nõupidamisel osalesid EV tervishoiuministeeriumi, haridusministeeriumi, Tartu Ülikooli, Tartu linnavalitsuse ja tervishoiujuhtide poolt volitatud isikud. Tartu Ülikooli haldamisele otsustati anda järgmised riiklikud asutused: Tartu kliiniline haigla, Tartu psühhiaatriakliinik, Tartu lastekliinik, Tartu linna nakkushaigla, Tartu kopsukliinik, Tartu onkoloogiadispanser, Tartu vabariiklik endokrinoloogiakeskus, Tartu naistekliinik, Tartu naha- ja suguhaiguste dispanser, Tartu stomatoloogiapolikliinik, Tartu spordimeditsiinikeskus, Tartu keskpolikliinik (loetelust puudub hambaproteesikeskus).11
Teiste punktidena kohustati rahandus-, tervishoiu- ja haridusministeeriumi vaatama üle sellega seoses tekkivad muutused eelarvetes, Tartu Ülikoolile aga tehti ülesandeks alustada reorganiseerimisega 1. jaanuaril 1992 ja lõpetada see 1. septembriks samal aastal.
18. juulil 1991 järgnes rektori pöördumine Vabariigi Valitsuse poole Kliinikumi loomise asjus.12
Esimene tunnustus: viiepoolsete läbirääkimiste protokoll tervishoiuminister Andres Ellamaa juhtimisel, milles fikseeriti riiklike tervishoiuasutuste üleandmine Tartu Ülikoolile.
Tartu Ülikooli nõukogu koosoleku protokoll 20. detsembrist 1991. Koosolekul arutati Vabariigi Valitsuse liikmete osavõtul Kliinikumi küsimust.
Sama koosoleku otsus „Arstiteaduskonna olukord ja perspektiivid”.
20. detsembril 1991 fikseeriti Tartu Ülikooli nõukogu otsusega „Arstiteaduskonna olukord ja perspektiivid” loodavate kliinikute koosseisud juba raviasutuste kliiniliste osakondade tasemel.13 20. detsembri koosolekust võtsid osa peaminister Edgar Savisaar, haridusminister Rein Loik, tervishoiuminister Andres Ellamaa, Urmo Kööbi, Kaljo Mitt, Maido Sikk ja teised. Ühelt poolt anti riigi juhtkonnale informatsiooni ja teisalt oli kokkusaamine positiivne ka selle poolest, et kõik kaheksa sõnavõtjat toetasid ülikooli kliinikute teket. Sellega oli ülikool, vähemalt teoreetiliselt, Kliinikumi tekkeks valmis, ka kliinikute tegutsemise ideoloogilised alused olid juba enam-vähem olemas. Nendeks olid:
Ühine tervishoiusüsteem. Tartu haiglad olid kõik ühes süsteemis, ühendavaks lüliks oli ülikool. Põhistruktuuriühikuks olid siiski raviasutused juriidiliste isikutena.
Ühine tööandja. Nõukogude ajal kehtinud „Kliinilise haigla põhimäärus” oli selgelt eraldanud kaks poolt – ülikooli töötajad ja haiglate töötajad. Selline terav eraldatus tekitas ka teatavat kõõrdivaatamist ja müüte. Nende asutuste põhitööd olid muidugi erinevad, ülikooli õppe- ja teadustööst tõusis haiglate arvates vaid häda ja viletsust – tudengeid palju, ruumi vähe, kogu aeg on keegi ees. Muidugi ei olnud see alati ja kõikjal nii, kõige tähtsamad olid siiski inimestevahelised suhted ja peab ütlema, et ega õppejõud ka iga kord kõige mõistvamalt käitunud. Siiski arvestasid kõik peaarstid ülikooli töötajatega, sest Tartu meditsiini kuulsus põhines suures osas just ülikooli spetsialistidel või õigemini nende mainel. Samas oli aegu, mil ülikoolipoolne finantseerimine ületas haiglapoolse, kuigi tavaliselt olid asjad vastupidi. Tõsi on ka see, et arstid ei olnud eriti huvitatud teadustööst, õppetööga tegeleti päris meelsasti.
Haiglate kartus reorganiseerimise küsimuses oli praktiline – kas reform ei vii selleni, et niigi õppe- ja teadustööga koormatud professorid ei pruugi saada haiglate majandamisega ja finantside juhtimisega hakkama? Lisaks olid mõned kateedrijuhatajad ka aktiivsed ravitöö tegijad. (Urmo Kööbi)
Selline müüdist ja tegelikkusest segunenud ettekujutus viiski initsiatiivgrupi arusaamisele, et olukorda saab lahendada ainult ühise tööandja kaudu, mis esialgu kujunes põhieesmärgiks. Kuna ülikooli kolleegid ei saanud ega ka tahtnud oma töökohast lahkuda, jäi üle vaid teine versioon – ühineda ülikooliga. Juba algusest peale olid selged ka selle sammu eelised ja puudused. Eeliseks oli ühine tööandja, õigus kasutada ülikooli nime, ruume ja töötajaid. Puuduseks vaid ohud: sideme nõrgenemine sotsiaalministeeriumiga ja võimalus, et ülikool hakkab liialt sekkuma Kliinikumi ellu. Seda oli kerge vältida juriidiliseks isikuks jäämisega, mida tolleaegne seadusandlus võimaldas.
Juriidilise isiku õigused. Elementaarsena tundus asjaolu, et ei saa majandada, kui pole võimalik midagi osta või teiste asutustega suhelda. Olgu märgitud, et sellel ajal omasid täielikke juriidilisi õigusi, sealhulgas raamatupidamist, ainult vabariiklikud haiglad (Tartus olid nendeks Tartu Vabariiklik Haigla, hilisem Maarjamõisa haigla, endokrinoloogiakeskus ja psühhiaatriahaigla). Munitsipaalse alluvusega raviasutuste raamatupidamine oli koondatud keskpolikliinikusse. Lisaks olid pangal suured õigused tehingute tegemisel. „Pank kas laseb läbi või mitte,” tavatseti arutada millegi ostmise eel. Loomulikult olid haigla vajadused etteantud piiridest oluliselt laiemad, see sundis peaarste pidevalt manööverdama. Alles Tartu Kommertspanga ilmumine turule andis aimu, kuidas normaalses ühiskonnas pank töötab. Seda aega sobib kõige enam iseloomustama Maarjamõisa haigla endise peaarsti Laur Karu lause: „Iga peaarsti võib kuni viieks aastaks kinni panna kohe.
Kui aga seda tahetakse teha pikemaks ajaks, siis tuleb ka midagi uurida.”
Kõigile võrdsed töötingimused ja kohustused. Tingimused ja kohustustused saavad olla võrdsed vaid põhimõtteliselt, nimelt et kõik tegeleksid ravi-, teadus- ja õppetööga. Mahud ja proportsioonid on muidugi erinevad. Esimestes põhikirjaprojektides püüti neid erinevusi ka kirja panna. Tegelikult ei kuulu sellised asjad põhikirja, vaid töölepingusse, tollal aga töölepinguid sellisel kujul veel ei sõlmitud. Teadustöö vajadus tulenes ettekujutusest hästikvalifitseeritud arstist, kelle aju on treenitud mitte ainult ravitööga, vaid ka esinemisoskusega, teaduslikult kriitilise mõtlemisega ja süstemaatilise teadmistepagasiga.
Personali valitavus. Esimeste põhikirjade ajal oli arstide hulk Eestis suur. Kuigi täpseid arve ju polnud, räägiti umbes 6000–6500 arstist (ilma stomatoloogideta), mis oli Euroopas üks kõrgemaid näitajaid. Tegelikult oli raviarste arvatavasti tuhande võrra vähem. See lõi soodsa pinnase ideele arstide valitavusest. Teiselt poolt viis selline infosegadus arstide vastuvõtu drastilise vähendamiseni, mille all Eesti juba praegu kannatab. Ülikoolirahvas oli regulaarse valitavusega harjunud ja kui nõuded olid teada ning täidetud, polnud ka ümbervalimisega probleeme. Muidugi, elukestev leping on mugav ega sunni inimest pingutama.
Erialakliinikud. Vastavalt nõukogude standardile olid erialad jaotatud osadeks lähtuvalt õppemetoodilisest sisust. Nii pidi näiteks üldkirurgia õpetama kirurgia üldküsimusi, teaduskonnakirurgia haigusi ja hospitaalkirurgia mõlemaid konkreetse haige näitel. Samas õppejõu seisukohalt oli olukord absurdne, reaalselt võisid kõik õppejõud töötada ükskõik millise kateedri juures. Lisaks oli etteantud kateedrite arv ning ka nimistu liiga jäik ega