За время его отсутствия в Испанию поступило множество доносов, и король назначил нового наместника, который в 1527 году выслал Кортеса в Испанию. Учитывая заслуги идальго перед короной, король простил ему подлинные и вымышленные проступки, наградил богатыми поместьями, дал титул маркиза дель Валле де Оахака и должность генерал-капитана Новой Испании и Южного моря. Но для управления страной король учредил коллегию во главе с Нуньо Гусманом. Этот чиновник оказался самым свирепым правителем захваченных земель. При нем обращение индейцев в рабство достигло небывалых размеров, а провинция Пануко почти обезлюдела, за что Гусман был отстранён от власти.
Открытие полуострова Калифорния
В 1527 г. Кортес отправил первую экспедицию в Южное море (Тихий океан) на трёх малых судах. Возглавил её кузен Кортеса Альваро Сааведра. Он получил задание «идти на Молукки или в Китай, чтобы выяснить прямой путь на родину… пряностей». Сааведра двинулся в путь 31 октября 1527 г. В Мексику он не вернулся, но сделал целый ряд открытий в совсем другой области Земли – Океании. Кортес узнал о его судьбе только в середине 1530-х годов.
В 1532–1533 годах Кортес организовал две экспедиции для поисков пролива, якобы соединяющего два океана, но они закончились потерей кораблей и гибелью экипажей.
Несмотря на все неудачи, Кортес весной 1535 года снарядил и возглавил новую экспедицию на трех кораблях с целью поисков жемчуга и организации колонии. Высадившись в «жемчужном» заливе Ла-Пас, он назвал эту землю «Островом Св. Креста» и отсюда отправил суда за колонистами и припасами, так как аборигены жили только рыболовством и собирательством. Однако ждать их возвращения пришлось очень долго. Большинство колонистов болело от жары и инфекций, в том числе сам Кортес. Покинув новую колонию, весной 1537 года он снова организовал экспедицию на трех судах под командой Андреса Тапия, который смог обследовать материковый берег Калифорнийского залива еще на 500 км.
Наиболее успешной стала последняя экспедиция Кортеса во главе с Франсиско Ульоа, который прошел вдоль всего материкового берега и достиг вершины залива, названного им Багряным морем из-за красного стока открытой им реки K°лорадо, впадающей в залив. Ульоа поднялся по ней вверх на несколько километров и в устье реки обнаружил огромное стадо морских львов. Затем он прошел 1200 км западного побережья Калифорнийского залива, обогнул южную оконечность полуострова и двинулся вдоль западного Тихоокеанского побережья.
Каков же итог деятельности Кортеса в Новом Свете?
Начиная с 1518 года, Эрнан Фернандо Кортес, возглавляя отряды численностью от двухсот до нескольких тысяч человек, завоевал Мексику и Гватемалу, организовал семь экспедиций, которые открыли западные берега Новой Гвинеи, острова Маршалловы, Адмиралтейства и часть Каролинских, обследовали 2000 км тихоокеанского побережья