Царь был вне себя от злости и, воротившись домой, собрал духовных для того, чтобы судить митрополита. Царский духовник протопоп Евстафий, враг Филиппа, чернил митрополита, стараясь угодить Ивану. Составился план произвести следствие в Соловках и собрать разные показания монахов, которые бы могли уличить бывшего игумена в разных нечистых делах. Царю хотелось, чтоб митрополит был низложен как будто за свое дурное поведение.
В Соловки отправился за этим суздальский епископ Пафнутий с архимандритом Феодосием и князем Темкиным. Соловецкие иноки сначала давали только хорошие отзывы о Филиппе. Но Пафнутий соблазнил игумена Паисия обещанием епископского сана, если он станет свидетелем против митрополита. К Паисию присоединилось несколько старцев, склоненных угрозами. Пафнутий привез их к царю. Собрали собор. Первенствовал на нем из духовных Пимен новгородский: из угождения царю он заявил себя врагом Филиппа, не подозревая, что через два года и его постигнет та же участь, какую теперь готовил митрополиту. Призван был митрополит, и, не дожидаясь суда, сказал: «Ты думаешь, царь, что я боюсь тебя, боюсь смерти за правое дело? Мне уже за шестьдесят лет; я жил честно и беспорочно. Так хочу и душу мою предать Богу, судье твоему и моему. Лучше мне принять безвинно мучение и смерть, нежели быть митрополитом при таких мучительствах и беззакониях! Я творю тебе угодное. Вот мой жезл, белый клобук, мантия! Я более не митрополит. А вам, архиепископы, епископы, архимандриты, иереи и все духовные отцы, оставляю повеление: пасите стадо ваше, помните, что вы за него отвечаете перед Богом; бойтесь убивающих душу более, чем убивающих тело! Предаю себя и душу свою в руки Господа!» Он повернулся к дверям, намереваясь уйти, но царь остановил его и сказал: «Ты хитро хочешь избегнуть суда; нет, не тебе судить самого себя; дожидайся суда других и осуждения; надевай снова одежду, ты будешь служить на Михайлов день обедню».
Митрополит, молча, повиновался, надел одежду и взял свой жезл. В день архангела Михаила Филипп в полном облачении готовился начинать обедню. Вдруг входит Басманов с опричниками; богослужение приостанавливается; читают всенародно приговор церковного собора, лишающий митрополита пастырского сана. Вслед за тем воины вошли в алтарь, сняли с митрополита митру, сорвали облачение, одели в разодранную монашескую рясу, потом вывели из церкви, заметая за ним след метлами, посадили на дровни и повезли в Богоявленский