В это время Ивану пришлось вступить в борьбу с церковною властью за свой произвол, доведенный до сумасбродства. Иван задался убеждением, что самодержавный царь может делать все, что ему вздумается, что не должно быть на земле права, которое бы могло поставить преграды его произволу или даже осуждать его деяния, как бы они ни были безнравственны и неразумны.
Митрополит Макарий был человек уклончивый. В былое время он был заодно с адашевской партией, но когда государь разогнал ее, Макарий скромно глядел на то, что делал царь, и хотя не пристал из подобострастия к врагам своих прежних друзей, но, однако, и не пошел с последними. Когда заочно судили Сильвестра, Макарий возвысил было за него голос, но очень слабый. Сильвестр был заточен, его друзья и сторонники были истребляемы или подвергались гонению, Макарий оставался митрополитом и только скромно и смиренно дерзал просить Ивана о милосердии к опальным; царю и это было не по сердцу. Преемник Макария Афанасий, бывший царский духовник, был, как кажется, еще покорнее, но царь был недоволен и им; и он осмеливался иногда печалиться об опальных. Когда Иван оставлял Москву для Александровской слободы и прикидывался, будто хочет покинуть престол, то в числе причин, побуждавших его к отречению, выставлял и то обстоятельство, что митрополит и епископы бьют ему челом за опальных. Опричнина была введена; Афанасий не смел прекословить.
Филипп II митрополит Московский
Но недолго этот пастырь выносил новый порядок вещей и удалился в Чудов монастырь на покой. Это было в 1566 году. Надлежало выбрать нового первопрестольника. Выбор пал на казанского архиепископа Германа, из рода бояр Полевых, старца святой жизни, прославившегося своими подвигами распространения христианства в казанской земле. Представившись первый раз царю, нареченный митрополит хотя не укорял Ивана прямо за его жизнь, но начал с ним беседу о христианском покаянии; беседа его очень не понравилась царю. Воспользовавшись этим, Алексей Басманов досказал царю то, что было в душе Ивана: этот Герман походил на Сильвестра, говорил с царем как Сильвестр. Иван прогнал Германа. Старец вскоре умер. Разнесся слух, будто царь приказал тайно спровадить его.
Тогда царь предложил в митрополиты соловецкого игумена Филиппа. Духовные и бояре единогласно говорили, что нет человека более достойного.
Филипп происходил из знатного и древнего боярского рода Колычевых. Отец его, боярин Стефан, был важным сановником при Василии Ивановиче. Мать его Варвара наследовала