Прославление патриарха Гермогена в лике святителей совершилось 12 мая 1913 года во время празднования трехсотлетия дома Романовых. Торжественное прославление происходило в Успенском соборе. Над гробом святителя была установлена рака из литого серебра, подаренная Николаем II, почитавшим патриарха Гермогена как одного из небесных покровителей царской семьи.
Крайняя из гробниц патриархов у южной стены собора – захоронение патриарха Филарета, в миру Федора Никитича Романова, отца первого царя из династии Романовых. Он приходился также двоюродным братом царю Федору Иоанновичу, последнему из рода Рюриковичей.
Юный боярин Федор Романов, один из первых щеголей в Москве, не помышлял о монашестве и духовной стезе. Он считался знатным вельможей, занимал ряд государственных и военных постов. Его ждала блестящая карьера, однако в 1600 году он вместе с ближайшими родственниками был подвергнут опале. Любопытно, что обвинили их в заговоре и колдовстве. Однако это была надуманная причина, на самом деле Борис Годунов рассматривал его и других Романовых как своих соперников в притязаниях на московский престол. Федора Никитича и его жену Ксению Ивановну насильно постригли в монахи под именами «Филарет» и «Марфа», что должно было лишить их прав на престол.
В 1605 году Лжедмитрий I освободил бывшего боярина из монастыря, и Филарет стал митрополитом Ростовским, а через три года – «нареченным патриархом» в Тушинском лагере нового самозванца, Лжедмитрия II. В 1611 году, отказавшись подписать подготовленный поляками договор, он был арестован и целых восемь лет провел в польском плену. В 1619 году он был освобожден и торжественно встречен в Москве своим сыном – царем Михаилом Романовым. Будучи родителем великого государя, он до конца жизни был его соправителем, так же, как и его сын, использовал титул «Великий государь».
Шатёр, в котором помещена рака с мощами святого Гермогена
У западной стены собора похоронен последний патриарх Московский и Всея Руси Адриан. В связи с возведением на патриарший престол Адриан обратился к российской пастве с увещаниями, в которых призывал хранить церковное предание, соблюдать посты, защищать вдов и сирот, осуждал ростовщичество, неправедный суд, а также чужестранные обычаи, в том числе брадобритие, европейскую одежду и курение табака. Кроме того, Адриан отказался в угоду государю Петру I насильно постричь в монахини его супругу царицу Евдокию Лопухину.
Во время жестокой расправы над стрельцами в 1698–1699 гг. патриарх Адриан выступил