В VI в. н. э. в Херсонесе разворачивается строительство христианских храмов византийского типа, базилик. Это были вытянутые в длину помещения, разделенные рядами колонн на продольные части, с восточной стороны имевшие пристройку в виде сводчатой ниши, где помещались алтарь и престол. Возможно, это строительство стало инициативой императора Юстиниана.
При Юстиниане храмы строились и в других частях Крыма. Был вновь присоединен к Риму Боспор, заключен мирный договор с крымскими готами. Был, кроме того, построен ряд укреплений вдоль Южного берега – Алустон на месте современной Алушты; Горзувитах там, где теперь располагается Гурзуф.
Кроме того, Херсонес дважды служил местом ссылок высокопоставленных лиц: одного из первых римских пап Климента и императора Юстиниана II в VII веке. Когда Юстиниан узурпировал власть, Херсонес вызвал его гнев, но избежал мести при помощи хазар, а затем поднял восстание и первым провозгласил императором Филиппика (711 г.).
В годы правления преемников Юстиниана – Юстина II (565–578 гг.) и Маврикия (582–602 гг.) византийская благожелательная политика по отношению к Херсонесу продолжалась. Управление полуостровом перешло в руки дукса – ставленника Византии, резиденция которого располагалась в Херсонесе.
Хотя в конце V в. Херсонес окончательно потерял автономию и стал частью наследовавшей Риму Византийской империи, после падения античной цивилизации он просуществовал еще около тысячи лет и вошел в историю как центр восточного христианства.
Более того, в последующие столетия он выступает как влиятельный политический центр Византийской империи, становящийся подчас оплотом оппозиции и соперником самой столицы в борьбе за власть в империи.
В 695 г. император Византии Юстиниан II, позже получивший прозвище Риномет – Безносый – был свергнут его же полководцем Леонтием. Юстиниану сохранили жизнь, но публично изувечили (ему отрезали нос) и с позором отправили в ссылку в Херсонес. Такое наказание было достаточно типичным для политических преступников в Византийской империи. По-видимому, Херсонес, с одной стороны, был достаточно лоялен к византийской власти, с другой, находился достаточно далеко от центра империи.
Оказавшись в Тавриде, Юстиниан открыто заявил о своем желании вернуть утраченную власть, и принялся собирать союзников для своей борьбы.
В 698 г. в Константинополе произошел новый переворот, Леонтий был свергнут, и на его место встал Апсимар Тиверий III. Херсонеситы обратились к новому правителю с просьбой вернуть бывшего императора в столицу для повторного и окончательного суда.
Узнав об этом, Юстиниан, не дожидаясь ответа из центра, бежал, и укрылся в одной из крепостей, защищавших херсонеситов от кочевников, – Доросе (Мангупе), намереваясь в дальнейшем укрыться у хазар.
Караул в Мангупе в то время несли в основном федераты, готы и аланы, давно не получавшие жалования из Византии, и оттого не склонные к чрезмерной лояльности империи.
Отсюда