В 40 г. н. э. царем Боспора стал его сын Митридат. Возможно, само его имя неустраивало помнивших о своих поражениях римлян, их не устроила и его кандидатура, Митридату пришлось отстаивать свое право на власть с мечом в руках. Это удавалось ему достаточно успешно, пока не повторилась в очередной раз история семейных предательств царей Боспора. Он отправил послом в Рим своего брата Котиса, который, вместо того чтобы обеспечить брату поддержку императора Клавдия, убедил последнего отдать власть ему самому и в Боспор вернулся в сопровождении римского легиона под командованием Дидия Галла. Этот поход стал первым упоминанием о непосредственном военном присутствии римлян в Крыму.
Митридат отступил, не приняв боя, и дождался, когда римляне отзовут свои войска. Он скрылся среди варварских племен сираков, где со временем заручился поддержкой местного вождя Зорсина и собрал армию для ответной атаки на Котиса, который, оставшись к тому времени без военной поддержки Рима, обратился за помощью к сарматскому племени аорсов, вождем которого был Эвнон. На стороне Котиса все еще оставалось преимущество римского оружия. Его армия нанесла сокрушительное поражение сиракам, захватила город Успу, где закрепился ранее Митридат, и вырезала все население. Зорсин сдался на милость Котиса, а Митридат предпочел положиться на милосердие Эвнона, которого просил отправить его в Рим, на суд императора Клавдия. Там он спокойно прожил оставшиеся ему годы, более не претендуя на власть. Война Котиса и Митридата закончилась в 49 г. н. э.
В I – начале III в. н. э. существенных изменений в территории и государственном правлении Боспора не произошло.
Государством управляли цари, одновременно являвшиеся военачальниками, а также определявшие стратегию внешней и внутренней политики. Они часто наделяли себя громкими титулами, как, например, «царь царей», чеканили собственную монету, некоторые настаивали на своем божественном происхождении. Боспорские цари этого периода не вступали в конфликты с Римом, проявляя такт в дипломатии, но проводя собственную политику на практике. Причем носили римские династические имена – например, Тиберий Юлий Рескупорид. Портреты римских императоров чеканились на монетах наряду с портретами самих царей. Кроме того, в Боспоре был учрежден культ императора, первосвященником которого считался действующий боспорский царь.
Посредником между царем и народом служила аристократия, занимавшая государственные посты. Некоторыми областями и городами Боспорского царства руководили наместники из их числа.
Традиционная греческая религия этого периода переживает кризис. Распространение получили культы чужих богов – Сераписа, Исиды, Митры.
Особое место в жизни боспорцев занимали религиозные союзы – фиасы. Они занимались воспитанием молодежи, оказывали поддержку своим членам. На собраниях фиасов решались не только религиозные, но и государственные дела.
Члены