Основной принцип организации космоса по Анаксагору таков: «все во всем», т. е. в каждой вещи присутствуют все виды качеств, и разница между ними лишь количественная. Поэтому «вещи, находящиеся в едином космосе, не отделены друг от друга, и не отсечено топором ни теплое от холодного, ни холодное от теплого… В каждой вещи есть часть каждой другой вещи». Как в «семени» находятся волосы, ногти, сухожилия, артерии, нервы, кости, так и во всех остальных вещах содержатся части всех других вещей. Иначе, как мы могли бы объяснить превращение травы, которую ест корова, в мясо и кости? В действительности это говорит лишь о том, что реальная трава содержит в себе элементы мяса, и кости, которые незаметны в ней, подобно тому, как незаметна капля вина в бочке воды. Именно потому, что изменения вещей чрезвычайно многообразны, следует считать, что в разных пропорциях (дозах) все содержится во всем. Это обстоятельство и обусловливает, с одной стороны, многообразие видимых вещей, а с другой – возможность перехода одной вещи в другую через изменение пропорций.
Гомеомерии Анаксагора, как и первоэлементы Эмпедокла, сами по себе являются инертной массой. Но жизнь есть процесс (в этом Анаксагор согласен с Гераклитом), и ее невозможно объяснить лишь существованием частиц и их делимостью. Помимо частиц необходимо признать существование отдельной от них силы, приводящей частицы в движение и производящей видимое в настоящее время состояние мира. Этой движущей и упорядочивающей силой является некий космический дух, «ум» («нус») – творец космоса из первобытного хаоса. Иначе говоря, Анаксагор отделяет силу от вещей и ставит ее вне и над природой. Эта идея была новой в греческом сознании, поскольку боги Греции рассматривались как включенные в природу, как ее часть, а не как стоящие над природой.
Анаксагор считал чувственное восприятие основой познания и создал оригинальную теорию восприятия. В каждой вещи заключены все начала, но мы можем наблюдать только те, которые в ней преобладают. Так, мы не видим частиц кости или мяса в траве, потому что их там мало. Следовательно, существует определенный порог ощущений, ниже которого ощущение не возникает. Далее, в отличие от Эмпедокла, который учил, что подобное познается подобным, Анаксагор думал, что все познается себе противоположным: холодное познается теплым, сладкое – горьким и т. п. Так, он утверждает, что «то, что так же тепло, как наше тело, не воспринимается как теплое». Но, с другой стороны, слишком сильное воздействие на наши органы чувств чем-то крайне противоположным нам перестает восприниматься как ощущение и начинает восприниматься как боль (например, соприкосновение с огнем). А это означает, что существует