Тем временем Россия воевала с польскими конфедератами. Для их подавления Екатерина II направляет войско во главе с генералом Кречетниковым, которое 5 марта 1768 г., преследуя конфедератов приступом переходит польско-турецкую границу, сжигая слободу Балта, турецкой части города, в которой укрылись конфедераты.
Русские войска, воевавшие с конфедератами, вначале использовали помощь гайдамаков, возбуждая православных против латинян, но Екатерина ни в коем случае не хотела возбуждать крестьян против помещиков, даже если крестьяне были украинцами, а помещики – поляками. Негласный союз между гайдамаками и русскими войсками распался очень быстро: совместными действиями царских и королевских сил восстание было жестко подавлено. Но до этого гайдамаки, 16—18 июня, преследуя бежавших евреев и поляков, нападают на Юзефград, а затем на Балту, беря его турецкую часть приступом, как и в случае с генералом Кречетниковым, были вновь убиты и разграблены многие жители.
Екатерина не заинтересованная в данный момент осложнениями отношений с Турцией, дипломатическим путем старалась разрешить происшедшие инциденты. Ей не верили в искренности заявлений, видели только затруднительное положение и желали скорее использовать данный момент.
Султан Османской империи Абдул-Гамид I, внимательно следивший за событиями в Речи Посполитой, и не желавший усиления России, вместе с тем намеревавшийся сам отторгнуть от Польши земли на южных ее окраинах (морально поддержанный Англией и Францией), осенью 1768г. предъявил России ультиматум: вывести войска из Польши и отказаться от покровительства православным (диссидентам). Россия отвергла ультиматум. Турция объявила войну.
Екатерина была поставлена перед выбором продолжать борьбу с Барской конфедерацией или отказаться от нее под угрозой войны с Турцией, и императрица, подчеркивая, что войны не хочет, решила выбрать «меньшее зло». «Нет намерения нашего, – разъяснялось в новой инструкции 26 марта 1768 г. послу в Турции А. М. Обрезкову, – доходить умышленно до неприятностей и до разрыва с Портой; но не скрою я однакож вашему превосходительству, что лучше и скорее поступим мы на одни и на другой, нежели допустим испровергнуть воздвигнутое нами на последнем сейме здание дисидентскаго возстановления, новаго польской конституции учреждения