У Перхурова, напротив, было мало артиллерии, но имелось в наличии большое количество пулемётов. Кроме того, как прежде отмечал сам Перхуров, вести артиллерийский огонь из города мешали здания, плотная городская застройка Ярославля. Именно по этим причинам мятежники слабо использовали артиллерию. Их тактика заключалась в том, чтобы превратить крупные здания в долговременные оборонительные сооружения и вести оборону в сочетании с наступательными операциями на отдельных участках фронта. Так они намеревались продержаться до подхода с севера основных сил белых.
11 июля приказом Реввоенсовета Республики командующим войсками Северного района Ярославского фронта был назначен А.И.Геккер, архангельский окружной военный комиссар, командующий Вологодским тыловым районом. В соответствии с приказом А.И.Геккер должен был взять в свои руки общее руководство военными действиями по разгрому ярославского мятежа.
13 июля командующим войсками Южного района Ярославского фронта был назначен Ю.С.Гузарский.
Первоначально штаб Геккера расположился в г. Данилове. В распоряжении штаба находились 1-й Архангельский и 1-й Вологодский полки, Костромской сводный отряд, 6-й и 8-й латышские полки и некоторые другие части. Штаб установил связь и подчинил себе те отряды красных войск, которые действовали в районе Ярославля. 12 июля красные части захватили железнодорожный мост через Волгу, 14 июля – станцию Филино, куда 17 июля переместился из Данилова штаб Геккера. Кольцо красных войск вокруг Ярославля сжималось всё плотнее.
Стало ясно, что ликвидация мятежа – дело нескольких ближайших дней. 17 июля полковник Перхуров вместе с группой соратников примерно в 50 человек прорвался на пароходе из Ярославля на Толгу и пытался возобновить военные действия в Заволжье, в тылу красных войск. Когда это не удалось сделать, он ушёл в Кострому, оттуда в Казань, попал в армию Колчака, где был представлен к званию генерал-майора. Служил в колчаковской армии до её разгрома. В 1922 году был осуждён в Ярославле и расстрелян по приговору военного трибунала.
Поражает, как могли несколько сотен офицеров и поддержавших их горожан на протяжении 16 дней – с 6 по 21 июля – отражать атаки превосходящих сил противника. Не надеясь на своих солдат, руководители красных решили применить «убойный аргумент» для подавления восстания – артиллерию. По городу, как признался в своих воспоминаниях один из лидеров большевиков – Александр Громов, было выпущено 75 тысяч снарядов. В ответ восставшие сделали только 500 выстрелов из двух орудий, которые смогли захватить в первый день восстания. Снаряды у них кончились на второй или третий