Щастный сначала был доставлен в Таганскую тюрьму, но вскоре туда явилась делегация балтийских матросов, требовавших немедленно выпустить «народного адмирала». Тогда его срочно перевели в Кремль, где была оборудована специальная отдельная камера.
Из письма начальника Таганской тюрьмы Юревича писателю М.Корсунскому:
«Первое впечатление от адмирала несомненно положительное. Человек в морской форме, среднего роста, плотный, с приятным лицом. Когда я спросил его – по какому обвинению он направлен к нам, Щастный сказал: „Вины за мной никакой, но вас я долго стеснять не буду, так как Троцкий меня неминуемо и очень скоро расстреляет“. Сказано это было без всякой акцентировки, как будто он говорил что-то самое обычное и касающееся не его, а постороннего человека. Я сказал ему, что удивляюсь его словам, так как Советская власть ещё никого не расстреливала и по нашим законам наивысшей мерой наказания является заключение в тюрьме на 10 лет. „Тем не менее, – ответил он мне, – меня расстреляют, хотя за мной нет, повторяю, никакой вины“. „Но, – спросил я, – за что же вас расстреляют, если вы ни в чём не виноваты?“ Он ответил: „Троцкий расстреляет меня за две вещи: первое – спасение флота в условиях полной невозможности это сделать, и, второе, Троцкий знал мою популярность среди матросов и всегда боялся её“.
Стоит вспомнить, что ещё в ноябре 1917 года Совет народных комиссаров упразднил все существующие суды, институты судебных следователей, прокурорского надзора, а также присяжную и частную адвокатуру. Поэтому смертных приговоров советская власть действительно не выносила, хотя массово отправляла на смерть людей во внесудебном „чрезвычайном“ порядке. Лишь в конце мая ВЦИК срочно подготовил и утвердил декрет об образовании Революционного трибунала при ВЦИКе для рассмотрения дел „особой важности“, Ленин подписала его только 28 мая, когда Щастный уже был арестован. А за три дня до суда нарком юстиции Петерис Стучка своим постановлением отменил ранее установленный запрет на применение смертной казни. Ему же принадлежало и авторство „Руководства для устройства революционных трибуналов“, в котором говорилось, что „в своих решениях Революционные трибуналы свободны в выборе средств и мер борьбы с нарушителями революционного порядка“.
Следствие заняло менее двух недель. Были вызваны шесть свидетелей: Ф.Раскольников, С.Сакс (члены коллегии Морского комиссариата), Е.Блохин, И.Флёровский (бывший и новый комиссары флота), Е.Дужек (комиссар Минной дивизии) и Л.Троцкий (наркомвоенмор). В трибунал