Сначала казалось, что все события развиваются по заранее намеченному плану, никаких сбоев не было до тех пор, пока против мятежников не выступил 1-й Советский полк. Расположенный в здании бывшего кадетского корпуса, не пожелавший подчиниться Перхурову, полк занял линию обороны от Туговой горы почти до Большой мануфактуры, где фронт держали рабочие отряды. Станция Всполье и территория артиллерийских складов также оказалась в руках красных войск. Таким образом, с юга и юго-запада мятежники были охвачены полукольцом советских войск. Правда, численность этих войск была невелика. Нужны были подкрепления. А это зависело уже не столько от Ярославля, сколько от тех мер, которые должны были предпринять центральные власти.
Восстание в Ярославле началось 6 июля, то есть в тот же день, что и вооружённое выступление левых эсеров в Москве. Занятые исключительно событиями в столице, большевистские лидеры, видимо, просто не в состоянии были сразу оценить степень опасности ярославского восстания. Некоторые из них поначалу просто не поверили полученной по телеграфу информации из Ярославля. Так, Н.И.Подвойский и М.С.Кедров назвали эту информацию провокацией и даже намеревались отдать приказ об аресте тех лиц, кто эти сведения сообщили. Подобной же была реакция председателя РеввоенсоветаЛ.Д.Троцкого. На телеграмме из Ярославля он написал: «Распространяющих ложные слухи – расстреливать». 9 июля Троцкий заявил делегатам V Всероссийского съезда Советов, что мятеж в Ярославле опасности не представляет, город окружён советскими войсками, мятеж почти ликвидирован.
Таким образом, в Москве явно недооценили опасность ярославских событий. Эта недооценка продолжалась, по крайней мере, несколько дней. Она ввела в заблуждение тех, кто должен был принимать экстренные меры. 14 июля М.В.Фрунзе писал Московскому окружному военному комиссару Н.И.Муралову о событиях в Ярославле: «Все мы в Москве были введены в заблуждение относительно их размеров…»
Недооценка опасности не означала, что Москва совсем не оказала помощи Ярославлю. Военная помощь была отправлена в первые же дни. Но, не представляя себе масштабов ярославского восстания, московские власти не могли принять меры, соответствующие размаху событий. Среди первых соединений, прибывших в Ярославль, находился рабочий отряд из Ростова, латышские стрелки из Рыбинска, которые защищали ст. Всполье. Рабочий отряд из Кинешмы действовал в районе железнодорожного моста через Волгу вместе со сводным отрядом интернационалистов.
Несколько позже в город прибыл Московский сводный полк, интернациональный батальон Варшавского полка, отряды Иваново-Вознесенска, Костромы. 8 июля из Москвы подошёл первый бронепоезд под командованием В.М.Ремезюка, а всего в подавлении мятежа участвовало три бронепоезда.
К 12 июля линия расположения красных войск