Из Задракарты он повёл войска в Арию. В городе Сусия, расположенном на границе Парфии и Арии, состоялась его встреча с сатрапом Арии Сатибарзаном. Как и в предыдущих случаях, Александр сохранил за ним его положение, но послал в Арию своего человека, Анаксиппа, с поручением устроить там, в поселениях, сторожевые посты, дабы его воины, проходящие через ту страну, не учинили каких-либо насилий. На самом же деле он хотел обезопасить себя от возможных враждебных выступлений в своём тылу. Как показали все дальнейшие события, у Александра имелись серьёзные основания для такого беспокойства. Сатрап Арии Сатибарзан взбунтовался, и по этой причине Александру пришлось вернуться туда и казнями, разорением поселений, порабощением населения восстановить спокойствие. В результате произошедшего сражения сам Сатибарзан был убит, а арии обратились в бегство.
После этой расправы Александр подошёл к Паромапису – горному хребту на востоке персидских земель. Места здесь были суровые, очень труднодоступные из-за высоких скал и глубокого снега в ущельях и на дорогах. Везде царило безлюдье. Преодолев эту преграду, Александр оказался в Бактрии, где основал ещё один город, поселив в нём семь тысяч своих ветеранов, а также всех воинов, ставших не пригодными для несения службы. Предоставив войскам непродолжительное время на отдых, он двинулся через пустыню, дабы настигнуть и разгромить ещё одного из бунтовщиков – самозванца Бесса. Через несколько дней место его нахождения уже стало известно людям Александра. Бесса выдали его же сподвижники, Спитамен и Датаферн. Схваченный врасплох, он был сразу же отдан на расправу ближайшим родственникам убиенного им Дария III.
В крепостях долины реки Окс Александр разместил свои гарнизоны. А вскоре он взял главный согдийский город Мараканд. Несмотря на это, всюду и постоянно вспыхивали многочисленные мятежи и восстания. Пройдя через всю Согдиану, Александр приблизился к реке Яксарт, где стал спешно строить город-крепость – Александрию