Можно представить, в какой упадок пришли дела Чагатайского улуса за годы отсутствия «твердой руки». Но это было только начало… Преемник и младший брат Менгу-хана Хубилай в 1260 году назначил правителем улуса правнука Чагатая Абишку, старшего сына Бури, который вместе с Гуюком насмехался над Бату. Но в тот момент в монгольском государстве было два правителя, потому что часть знати провозгласила великим ханом младшего брата Хубилая Ариг-Бугу. Он убил Абишку и выдал ярлык на правление улусом внуку Чагатая Алгу. Ради укрепления своих позиций Алгу взял в жены Эргэнэ-хатун, родная сестра которой была женой хана Хубилая. Затем новый правитель Чагатайского улуса перешел на сторону Хубилая и стал воевать с Ариг-Бугой.
Чагатайский улус в Каталонском атласе. XIV век
Весной 1265 года Алгу умер и правителем Чагатайского улуса снова стал считаться Мубарек-шах, которому Хубилай, явно не доверявший ни Мубареку, ни Эргэнэ-хатун, назначил в соправители своего сына Есун-Тувы Борака. Борак забрал в свои руки всю власть, а Мубарек-шаха изгнал.
Дальнейшая история Чагатайского улуса непосредственно связана с событиями, происходившими в другом территориальном делении – Улусе Угэдэя, правители которого приняли управление Улусом Чагатая, когда там случился кризис власти. Большинство потомков Угэдэя было противниками Менгу-хана. На курултае 1251 года расклад сил был таким – потомки Толуя и Джучи поддерживали кандидатуру Менгу, а потомки Угэдэя и примкнувшие к ним потомки Чагатая, хотели сделать великим ханом одного из сыновей Гуюка. В отношении Чагатайского улуса Менгу-хан ничего не предпринял, поскольку законный правитель улуса Хара-Хулагу был его сторонником, а вот с потомками Угэдэя расправился сурово – многих предал казни, а бо́льшую часть земель Угэдэйского улуса поделил между собой и Бату.
Одним из внуков Угэдэя был Хайду, о котором Рашид ад-Дин сообщает следующее: «Этого Кайду [Хайду] вырастили в ставке Чингиз-хана. После Угедей-каана он находился на службе у Менгу-каана, а после того был с Ариг-Букой и старался возвести его на ханский престол. Когда Ариг-Бука отправился к Кубилай-каану и покорился его приказу, Кайду был осведомлен об опасности, [грозящей] от Кубилай-каана, и… стал мятежником… Вначале у Кайду не было много войска и подданных, так как, когда члены дома Угедей-каана задумали изменить Менгу-каану, войска захватили и роздали… [но Кайду] был очень умным, способным и хитрым человеком. Все дела он устраивал коварно и хитро. Разумными мерами он набрал отовсюду две-три тысячи [человек] войска, и вследствие того, что Кубилай-каан ради покорения Мачина [Южного Китая] остался жить в Китае и расстояние [до него было] дальнее,