Когда умер Малиновский, место его, в соответствии с лицейской иерархией, было временно предоставлено Кошанскому. Но уже в начале мая Николай Федорович, заболевший «нервною горячкою», вынужден был на долгое время оставить Лицей. Брат перевез его в Петербург для лечения (Кошанский никогда не был женат и прожил жизнь одиноко). Болезнь его, вызванная излишним, в разные времена столь распространенным поклонением богу Бахусу, продолжалась полтора года. Только в декабре 1815 г. он возвратился к занятиям. В его отсутствие лицеисты пережили трудное время «междуцарствия» или «безначалия», утешаясь, правда, тем, что на кафедре российской и латинской словесности Кошанского заменил добрейший Александр Иванович Галич. О нем речь впереди, а сейчас скажем лишь, что если Пушкин-лицеист недооценивал Кошанского, споря с ним стихами и поведением в классе, то Пушкин-поэт вспоминал о нем с благодарностью (например, в неоконченной статье о Дельвиге в начале 1830-х годов).
Кошанский выпустил своих первых учеников и прослужил в Лицее до 1828 г. Лицеисты последующих выпусков, приготовляясь к лекциям Кошанского, упрашивали его привезти с собою из Петербурга какое-нибудь новое произведение Пушкина и почитать им вслух вместо занятий скучной латынью. Просьба никогда не встречала отказа.
Историк Лицея и его выпускник Я. К. Грот рассказывает: «Читать с воспитанниками Пушкина еще не было принято и в Лицее; его мы читали сами иногда во время классов, украдкою. Тем не менее однако ж Кошанский раз привез нам на лекцию только что полученную от товарищей Пушкина рукопись 19 октября 1825 года («Роняет лес багряный свой убор») и прочел нам это стихотворение с особенным чувством, прибавляя к каждой строфе свои пояснения. Только там, где речь шла о заблуждениях