Иона Никитченко родился 28 июня 1895 года в семье безземельного крестьянина (не-казака) хутора Тузлуков станицы Багаевской Черкасского округа области Войска Донского. В 1908 году поступил на работу на шахту в Донецке, но затем продолжил учебу – окончил Новочеркасское высшее начальное и Новочеркасское землемерное училища и даже поступил в Донской политех, но его он не окончил. Вскоре Никитченко стал интересоваться политикой и в сентябре 1916 года вступил в РСДРП(б) – т. е. он был большевиком с дореволюционным стажем: это было и почетно и показывало, что он смог прийтись ко двору Сталину, который без всяких сомнений отдавал приказы об уничтожении опасных для его режима «старых большевиков». В 1917 году в составе Красной гвардии (с ноября 1917-го по февраль 1918 года он возглавлял ее дружину в Новочеркасске) Никитченко участвовал в установлении советской власти в Новочеркасске, затем воевал в Гражданскую. Впрочем, в мае 1918-го он как проверенный коммунист отбыл в Саратов комиссаром жилищного отдела, а затем с декабря того же года возглавил подотдел информации и связи политотдела 4-й армии, с которой и принял участие в боях на Волге и Урале. В феврале 1920-го его отправили в Туркестан, в политуправление фронта, где в марте – мае он состоял секретарем Д. А. Фурманова, тогда уполномоченного Реввоенсовета Туркестанского фронта в Семиречье, а позже известного писателя. С этим связан тот факт биографии Никитченко, что он удостоился чести быть упомянутым в романе Фурманова «Мятеж», где речь шла о подавлении антисоветского Верненского восстания.
Заместитель члена Трибунала от СССР Александр Волчков и член Трибунала от СССР Иона Никитченко
В Туркестане началась и деятельность Никитченко как слуги правосудия. Сначала в мае все того же 1920 года он был назначен заместителем председателя Военного трибунала Семиреченской группы войск. В июле его откомандировали в Джаркент председателем отдела Военного трибунала фронта, но уже в сентябре он вернулся на старое место службы, теперь председателем трибунала. В марте 1922 года Никитченко стал членом коллегии, а в марте 1923-го – председателем Военного трибунала Туркестанского фронта. Следующим местом службы Никитченко стал Военный трибунал Московского военного округа, где он в 1924 году стал сначала членом коллегии, а затем в течение почти 10 лет (с 1 января 1926-го по 19 июня 1935 года) занимал пост председателя. В июне 1935-го на Никитченко было возложено исполнение обязанностей заместителя председателя Военной коллегии Верховного суда СССР, а 17 января следующего года он получил звание диввоенюриста. В сентябре 1938 года Никитченко оставил службу в Военной коллегии и занял пост заместителя председателя Верховного суда СССР, в 1942–1949 годах он также возглавлял Военную железнодорожную коллегию Верховного суда.
Член Трибунала от СССР Иона Никитченко (сидит) и заместитель