Поначалу москвичи хотели заставить Исидора отречься от унии, обещая взамен честь и свободу. В случае отказа митрополиту угрожали казнью. Однако это был твердый и храбрый человек, почитавший распространение унии своим нравственным долгом. На все уговоры он отвечал отказом. Дело таким образом зашло в тупик.
В конце концов, просидев под стражей с полгода, вместе с двумя учениками, иноком Григорием и Афанасием, низложенный митрополит бежал из Москвы в Тверь. Похоже, что этот «побег» был подстроен московскими властями. Известно, что Василий II не велел преследовать беглеца. В Твери поначалу, кажется, просто не поняли сути дела. Исидор был вновь арестован по приказу князя Бориса Александровича. Теперь уже ему пришлось ломать голову над тем, как поступить с «еретиком». Проведя еще полгода в тверском заточении, Исидор не мечтал более об обращении Руси в унию. И когда тверской князь, следуя примеру Василия II, предоставил ему возможность уйти – «отпусти в Великий пост на средокрестнои недели» (41, 47) – Исидор не раздумывая уехал в Литву. Оттуда он перебрался в Рим, где был обласкан папой. Позднее Исидор дважды совершал рискованные путешествия из Рима в Константинополь по вопросу об унии. Умер этот неутомимый борец за соединение церквей в 1463 году. За заслуги перед Римом он был награжден папой саном кардинала и званием легата, а позднее даже удостоен титула «патриарха».
Благополучно избавившись от Исидора и переложив заботу о нем на плечи Бориса Тверского, Василий II поручил общее руководство церковными делами рязанскому епископу Ионе, который не имел еще официального поставления в митрополичий сан ни от патриарха, ни от собора русских епископов. В таком двусмысленном положении он провел семь лет (1441–1448).
Усмирив Новгород и уладив дело с Исидором, Василий II решил, что настало время совершить еще один шаг – покончить с последним из мятежных Юрьевичей, князем Дмитрием Шемякой. Историки высказывают предположения, что его побудили к действию какие-то «крамольные» начинания Шемяки в ходе событий 1439–1441 годов. Однако никаких ясных сведений на сей счет источники не содержат. Известно лишь, что осенью 1441 года Василий II попытался неожиданным ударом овладеть Угличем – удельной столицей Дмитрия Шемяки. В случае успеха этой вероломной акции Дмитрий Юрьевич оказался бы московским пленником и имел все шансы повторить судьбу своего старшего брата Василия Косого.
Однако такие стремительные рейды