В апреле 1909 года Кемаль был в первых рядах армейского восстания, направленного против заговорщиков. В Стамбуле сторонники Абдулы-Хамида еще могли опереться на поддержку воинских частей, лояльных султану, но в Салониках таких частей не было в принципе. Офицеры в столице Македонии выступили в защиту конституции и организовали марш на столицу. Возглавил эту «Армию действия» (Харекет Ордусу) как раз командир 17-й дивизии Хусейн Хусню-паша, а Кемаль, как начальник штаба 17-й дивизии, соответственно стал начальником Генерального штаба этой армии, состоявшей всего из двух дивизий. Интересно, что название «Армия действия» придумал сам Кемаль. Он так объяснил, как оно возникло: «Я хотел придумать название, которое ни у кого не вызовет протеста и для всех подойдет. Я выбрал слово “харекет”, соответствующее французскому слову “действие”. Ведь мы действительно действовали…» В ночь с 15 на 16 апреля 1909 года Кемаль вошел в Стамбул в качестве начальника штаба «Армии действия» в поддержку антиправительственных акций 13 апреля, которые устроили в столице сторонники младотурок. Теперь во главе войск в Стамбуле стал командующий 3-й армией Махмут Шевкет-паша. Он объявил чрезвычайное положение и созвал парламент, который 27 апреля и низложил Абдулу-Хамида.
6 сентября, после недолгой службы в штабе 3-й армии, Кемаль стал начальником пехотного офицерского полигона 3-й армии в Салониках. В тот момент он выступал за то, чтобы армия оставалась вне политики, и требовал, чтобы офицеры перестали быть членами политических партий. Тем не менее, хотя его точка зрения не была принята, Кемаль активно работал над военной реформой и, как мы уже знаем, перевел на турецкий ряд германских уставов по боевой подготовке.
В том же 1909 году Кемаль рассорился с руководством Комитета «Единение и прогресс» и на время отошел от политики. Из фактически правящего в стране младотурецкого триумвирата в составе Мехмета Талаата-паши, Исмаила Энвера-паши и Ахмеда Джемаля-паши хорошие отношения у Кемаля были только с Джемалем. Кемаль признавал, что его связывали с этим членом триумвирата «особые дружеские отношения и привязанность». Еще в 1907 году майор Джемаль был назначен членом военного совета 3-го армейского корпуса. Здесь он и познакомился с Мустафой Кемалем.
В мае 1910 года Кемаль участвовал в боевых действиях в Албании против повстанцев в качестве начальника штаба Махмута Шевкета-паши. В сентябре 1910 года в качестве турецкого представителя он присутствовал во Франции на маневрах в Пикардии. Очевидно, выбор его для выполнения этой миссии был связан с тем, что он хорошо знал французский язык. И вообще, Кемаль был одним из немногих среди младотурок антантофилов и считал, что во внешней политике Турции надо ориентироваться на Францию и Англию, а не на Германию.
В январе 1911 года Кемаль был назначен начальником штаба XV корпуса, но вскоре стал командиром 38-го пехотного полка. Он критиковал генералов в письменных рапортах