Санкт-Петербурга хранится «Дело Императорского Санкт-Петербургского университета студента Иннокентия Михайловича Сибирякова», начатое 13 августа 1880 и законченное 5 ноября 1885 года. Из представленных в деле документов явствует, что И.М. Сибиряков после окончания в Санкт-Петербурге частной гимназии Ф.Ф. Бычкова поступил 31 августа 1880 года на естественнонаучное отделение физико-математического факультета Санкт-Петербургского университета. Поступив в университет, из мирного семейного окружения Иннокентий Сибиряков попал в неспокойную, приводящую к душевному разладу обстановку. Для серьезного студента поступление в высшее учебное почти всегда представляет собой событие, на многое открывающее глаза и расширяющее кругозор. Однако Иннокентию было суждено оказаться в Санкт-Петербургском университете в такое время, когда различные направления философской и научной мысли переплетались и сталкивались друг с другом, создавая непростую, беспокойную атмосферу. Зарождался конфликт между наукой и религией. Жаркую полемику на эти темы известные духовные лица, журналисты, ученые вели в научных журналах, в прессе, в учебных заведениях и т.д. Новые идеи, с одной стороны, угрожали основам Православия и, казалось, самой цивилизации, но с другой – как будто бы открывали новый, чуть ли не безграничный мир, которым могло владеть «освобожденное» человечество. Напор и самоуверенность ученых и их сторонников заставляли церковных деятелей и социальных консерваторов сдавать свои позиции и переходить к обороне. Такая непростая ситуация не способствовала спокойной учебе и мирному устроению души. Надо вспомнить и столичное общество тех лет – расцерковляющееся не по дням, а по часам, увлекающееся новомодными учениями, суетящееся в желании блеснуть перед другими своей прогрессивностью, раскрепощенностью, не стыдящееся собственной безнравственности… Возможно, именно душевное неустройство, внутренний разлад способствовали обострению чахотки у студента Сибирякова, и он вынужден был взять академический отпуск после окончания первого курса университета для лечения в южном климате. Осенью 1881 года Иннокентий вновь приступил к учебе в университете, но в начале 1882 года опять ее прервал по болезни и уехал на Кавказ в одно из имений брата Константина. В октябре 1884 года И.М. Сибиряков еще раз поступает в Санкт-Петербургский университет, теперь на юридический факультет, и учится там весь 1884/1885 учебный год, но 31 октября 1885 года решает перейти в разряд вольнослушателей.
Таким образом, Сибиряков проучился 9 месяцев на естественнонаучном отделении физико-математического факультета и окончил первый курс юридического факультета Санкт-Петербургского университета.
По свидетельству соученицы Иннокентия Михайловича Селимы Познер, одной из главных причин его ухода из университета была именно чуждая ему атмосфера: «Все встречи, все сношения с людьми и даже с наукой были для него отравлены деньгами; деньги положили грань между ним и всеми людьми, от товарищей
