На фронте оперативные подразделения зондеркоманды Кюнсберга, так называемые айнзацкоманды, были включены в состав частей ваффен-СС; таким образом, они вошли в их командную структуру и активно участвовали в боевых действиях169. С другой стороны, выполняя конкретные задачи, связанные с изъятием и сохранением интересующих Оперативный штаб рейхсляйтера материалов, они должны были тесно координировать свои действия с подразделениями военной контрразведки, которые тоже отвечали за изъятие и сохранение «материалов противника». Вследствии этого персонал айнзацкоманд, действуя под началом соответствующего офицера службы контрразведки (Ic) армейского командования (АОК), одновременно сотрудничал со службой безопасности (СД) рейхсфюрера СС. Не всегда удается выяснить, кому именно подчинялся тот или иной сотрудник; подчиненность не была единой и постоянно менялась при командировании сотрудников в другие части. Некоторые научные референты поначалу оставались сотрудниками МИДа, в то время как другие были уже непосредственно подчинены ваффен-С170С. Заведующий Отделом стран Вильфрид Краллерт уже с 1939 года работал в службе внешней разведки Главного управления имперской безопасности (РСХА) и, вероятно, выполнял для этой службы задания и в качестве сотрудника зондеркоманды Кюнсберга171. По всей видимости, только благодаря ему в 1943 году зондеркоманда была выведена из структуры Министерства иностранных дел и, переименованная в «Имперский фонд страноведения», включена в состав VI управления РСХА, группа G. Сотрудничество с СС, которое никогда не прекращалось, в конце концов переросло в полную интеграцию зондеркоманды Кюнсберга в аппарат СС. Сам Эберхард фон Кюнсберг – мутный тип, партийный карьерист и делец – к этому времени уже потерял всякое политическое влияние172.
Однако в 1941 году, в первые месяцы своей работы в Советском Союзе, зондеркоманда Кюнсберга еще могла действовать самостоятельно и