«Характерной особенностью церковной жизни на Дону было то, что церковь не вмешивалась в мирские дела и даже не принимала участия на круге. И это было тогда, когда в Московском государстве, в западных странах она играла главенствующую роль. Другая особенность была выборность духовенства. Несмотря на непрерывную борьбу с мусульманским миром, у казаков не было узкой догматической нетерпимости и они легко принимали в свою среду иноверцев. Они признавали за каждым неотъемлемое право исповедовать ту религию, которая больше всего отвечала его внутренним духовным потребностям и настроениям. Они были религиозны, но и веротерпимы. Роль духовенства на Дону была весьма ограничена и, не имея права голоса на круге, оно ни на политическую, ни на светскую жизнь войска влияния не оказывало. Его роль была исключительно религиозной и социальной».
До XVII века в казачьих общинах действовали лишь часовни, или молельные дома, в которых богослужением занимались пожилые казаки, неспособные нести тяготы военной жизни. Богослужение, помимо пожилых казаков вели пришлые служители культа, потому что на Дон шло безместное духовенство («крестцовые попы», т. е. находящиеся на распутье). Но это не могло удовлетворить Дон, и поэтому священнослужителей выбирали на кругу. Казенное православие с трудом утверждалось на Дону. Только в XVII в. казачьи земли официально вошли в состав патриарших областей. Первым известным по историческим документам храмом Дона стал деревянный «Собор Воскресенья Христова», который был построен в Черкаске в 1652 г. Каменный собор в Черкаске возведен в 1706 г.
По мнению современного исследователя Б.Н. Проценко, наиболее почитаемым персонажем христианства на Дону была Богородица, о чем наглядно свидетельствуют не только многочисленные «богородичные» храмы на Дону, но и тексты донских заговоров, в которых Богородица упоминается гораздо чаще, чем Иисус Христос и другие святые. Войсковым праздником донских казаков является праздник «Покрова Пресвятой Богородицы», который отмечается 14 октября.
После раскола православной церкви в XVII в. на Дон пошли старообрядцы. В одной из грамот 1675 года упоминается: «На реке Медведице, от Дона реки, в дальнем месте поставлен вновь городок, а в нем старцы с 300 человек, и много у них женок и девок и ружей».
Поэтому во многих станицах, наряду с храмами официальной православной церкви, одновременно функционировали часовни раскольников (староверов). Одна такая часовня действовала, например, в Рыковской станице Черкаского городка в 1687 г. Старообрядчество, в силу своей близости к ценностям донской народной культуры, сумело на Дону пустить очень глубокие корни. Под давлением официальной церкви старообрядцы уходили на юг, на Куму, Кубань и Терек. В начале XVIII в., после разгрома булавинского восстания, около 70 тысяч казаков и их семей под предводительством атамана Игната Некрасова ушли на Кубань, а затем в турецкие владения, чтобы сохранить верность дониконовским обрядам.
На Кубани некрасовцы расселились от устья реки Лабы до Таманского полуострова, основали казачью общину – Войско Кубанское, –