Кокандцы за минувший год приняли ряд мер по усилению крепости. Внешняя крепость полностью исчезла – её снесли, чтобы затруднить наступление врага, стены были отремонтированы, рвы углублены, гарнизон усилен. В обороне сидело человек 300 защитников, имелось три медных орудия малого калибра, которых во время обороны, по мере надобности, перетаскивали с одной башни на другую, несколько фальконетов и множество винтовочных азиатских ружей, устанавливаемых на сошки. Ядра летели версты на 2, не причиняя вреда, из ружей кокандцы стреляли метко, даже саженей на 250, т.е. более чем на полкилометра. Местность же между лагерем и крепостью была изрезана канавами или арыками, частью наполненных водой, частью сухими. Лагерь, как и в прошлом году, расположили напротив восточного фаса крепости. (4,с.319; 32,с.189).
Перовский не рискнул на немедленный штурм, а начал осаду крепости. Осадными работами руководил генерал-майор Хрулёв, будущий герой Севастопольской обороны.
Осада Ак-Мечети была первым подобным мероприятием в Средней Азии. Опыта у русских войск ещё не было, поэтому во время осады случались и накладки. Так, например, плохо использовалась артиллерия, действовала она без какого-либо определённого плана и мало содействовала взятию крепости. Было создано 5 брешьбатарей, но действовали они разрознено, по разным участкам стен, сконцентрированный огонь не вели. 11 июля батарея №4, состоящая всего-то из одной кегерновой мортиры и ракетного станка, пробила в стене брешь, кокандцы ночью мешками с землёю её заделали, но 12го батарея вновь разбила стену. Войска, однако, этим успехом артиллеристов не воспользовались, а вполне было можно. Брешь есть брешь. Если бы батарею усилили, если бы повели по проделанной бреши сосредоточенный огонь, то, пожалуй, можно было уже числа 12–13 июля крепость и штурмовать. Однако Перовский на это не решился.
Несколько раз осаждённым предлагали сдаться, кокандцы отказывались. Так, 13го, Перовский отправил в 11 часов дня в крепость киргиза с письмом о сдаче, ответ должен был получен в 8 часов вечера. Комендант соглашался уйти, но требовал для этого срок 15 дней, иначе они будут сопротивляться, как заявлял он «пока ружья у них останутся на ложах, ефесы сабель и древки копий не переломятся и не истащятся в крепости кизяки».
В общем-то, Перовский штурм, конечно же,