В мае 1919 года в составе ВУЧК создаются Особые отделы – специальные органы военной контрразведки, которые вели активную борьбу с контрреволюцией на фронте и шпионажем в вооруженных частях. Военные контрразведчики руководили работой разведчиков за границей, в тылу белогвардейских войск, на оккупированной иностранными государствами украинской территории.
В 1919 году подрывная деятельность внутренней и внешней контрреволюции приняла особо опасный характер. Об этом свидетельствует телеграмма правительства Украины Ленину, в которой сообщалось о принимаемых мерах по беспощадной борьбе с «бандитизмом… и советским безвластием». В телеграмме также говорилось, что «…без энергичной поддержки Москвы нам придется потратить много времени и затратить больше сил». Украина искала спасения и помощи у России от иностранной интервенции. ВУЧК вела напряженную борьбу против белогвардейского и петлюровского шпионажа, вооруженного бандитизма, по существу, обеспечивала крепость новой советской власти. С учетом этих обстоятельств, а также дальнейшего обострения классовой борьбы правительство обратилось к Ленину с просьбой направить на Украину опытных работников московской и петроградской чрезвычайных комиссий. «Отпустите, – говорилось в телеграмме, – если можете, Лациса, а также направьте отряд опытных чекистов». Ленин с большим вниманием отнесся к этой просьбе. В конце марта на Украину с группой чекистов прибыл, по оценке Владимир Ильича, «один из лучших, испытанных коммунистов» Мартин Лацис, член коллегии ВЧК. 2 апреля правительством Украины он был назначен председателем ВУЧК. Перед отъездом Лациса на Украину Ленин нашел время для встречи и обстоятельного разговора с ним. Для характеристики мировоззрения одного из создателей ВЧК достаточно привести цитату из статьи Лациса в журнале «Красный террор», издаваемом ВЧК: «Мы не ведем войны против отдельных лиц. Мы истребляем буржуазию как класс. Не ищите на следствии материалов и доказательств того, что обвиняемый действовал делом или словом против советской власти. Первый вопрос, который мы должны ему предложить: к какому классу он принадлежит, какого он происхождения, воспитания, образования или профессии. Эти вопросы и должны определить судьбу обвиняемого. В этом – смысл и сущность красного террора».
В мае 1919 года правительство Украины обратило внимание Лациса на необходимость строгого соблюдения чекистскими органами законоположений советской власти.
Деятельность ВУЧК ориентировалась на беспощадность и решительность в пресечении враждебных действий против власти народа, вооруженных выступлений, заговоров и мятежей. Одновременно применялся дифференцированный подход к заблуждающимся лицам, втянутым в преступные действия, по словам Лациса, «из-за недоразумения, из-за науськивания контрреволюционных элементов».
Большое значение придавалось профилактической работе, предупреждению