Правительство, разумеется, перешло к репрессиям. Летом 1862 года были закрыты журналы «Современник» и «Русское слово», проведены аресты. Часть революционеров вынужденно эмигрировала. Были арестованы Н.Г. Чернышевский, Д.И. Писарев, Н.А. Серно-Соловьевич. Чернышевский, осужденный на каторжные работы, провел на каторге и в ссылке 20 лет.
В стране стали создаваться революционные кружки. 4 апреля 1866 года член такого кружка московский студент Д.В. Каракозов в столице стрелял в императора Александра II. Каракозов был казнен, но его выстрел стал первым в целом ряде покушений, предпринятых против Александра II. После этого до 1874 года в России наступил период реакции. Он последовал после императорского рескрипта от 13 мая 1866 года, то есть после покушения на государя, в котором Александр II сформулировал основную задачу: «охранять русский народ от тех зародышей вредных лжеучений, которые со временем могли бы поколебать общественное благоустройство».
Как бы там ни было, крестьянская реформа 1861 года при всей своей ограниченности привела к значительным государственным преобразованиям в России. За ней последовали другие реформы: земская и городская, судебная.
Местное самоуправление – земство – вводилось законом в 1864 году. Представители всех сословий избирали уездные земские собрания, которые посылали депутатов в губернское земское собрание. Земства получили право собирать налоги для своих нужд и нанимать служащих, ведали хозяйственными вопросами, школами, медициной, благотворительностью.
В 1870 году органы самоуправления создали и в городах. Горожане всех сословий избирали городскую думу, которая формировала управу. Во главе думы и управы стоял выборный городской голова.
Проведенная в 1864 году судебная реформа считается самой радикальной из всех реформ, проведенных императором Александром II. Она содержала в себе основные принципы буржуазного права: бессословность суда, состязательный характер процесса, гласность, несменяемость судей и их независимость от администрации.
Разумеется, сразу встал вопрос о проведении военной реформы. Причины тому были веские. Необходимость повышения боеспособности русской армии, ставшая очевидной уже в ходе Крымской войны и явно заявившая о себе во время последующих событий в Европе (объединение Германии вокруг Пруссии, винственного соседа России, Франко-прусская война 1870 года), требовала коренных военных реформ.
Они и были проведены под руководством талантливого военного министра Д.А. Милютина, который сумел убедить Александра II в их крайней необходимости. Думается, что эту необходимость хорошо осознавал и сам государь, познавший Крымскую войну и как ее следствие тяготы Парижского мира.
В ходе милютинских реформ в России была создана окружная система и проведена централизация военного управления.