В это время ЦК КПЛ принимал важные решения насчет подпольной работы на тех территориях Литвы, которые уже заняты врагами. Кроме того, предпринимались конкретные действия для усиления связи с прогрессивными немецкими военными («спартаковцами» и др.). С ответственными заданиями на оккупированные территории были посланы А.Драбавичюте, В.Ясайтис, А.Якшявичюс, Й.Думша, К.Пожела и др.
Немецкие солдаты-«спартаковцы» помогали разными способами: они собирали важные данные и передавали их советским военным, передавали оружие, распространяли агитационные прокламации. Когда их действия засекали, они иногда переходили на строну советских войск (так поступили Адолф Шель, Фридрих Шредер, Ханс Бекер и еще некоторые их коллеги). Были и случаи, когда «спартаковцы» агитировали своих друзей и переходили на советскую сторону целыми группами – так Курт Леске и Карл Ремер уговорили вместе с ними перейти линию фронта еще 8 немецких солдат. 21 июня в Шяуляй из Гамбурга прибыли 60 «спартаковцев» с 3 бронемашинами. Они напали на местную тюрьму и освободили всех политзаключенных.
Буржуазные националисты и немецкие оккупанты и дальше опирались на белый террор. Были убиты активные коммунисты С.Грибас (Шяуляй), В.Башкис, Й.Виткаускас (Паневежис), П.Мейлус, В.Климашевский (Укмерге), П.Стрепейка, К.Балтарагис (Йонишкелис) и еще много их соратников. Среди них были и коммунисты, комсомольцы, и члены их семьей, и представители прогрессивной интеллигенции, и люди, которые хотя и недолго работали в органах советской власти. Особо жестоко действовал отряд В.Григалюнаса-Гловацкиса в окрестностях Рокишкиса (их так называемый «военный суд» осудил на смертную казнь свыше 100 человек), отряд П.Плехавичюса в Жемайтии (только в период с февраля по июнь 1919 г. каратели этого отряда убили свыше 70 человек), буржуазные националисты в окрестностях Йонишкелиса (убили около 30 человек).
Проводились и такие «Варфоломеевские ночи» – за одну ночь в городке Жеймялис убили 7 человек, в том числе члена местного Совета Б.Вайчюлиса, милиционеров И.Мартинайтиса и К.Купчюнаса. А их дома ограбили и подожгли. В районе Укмерге очень активным карателем был и ксендз городка Пагиряй Р.Каминскас. По его указанию схваченный член отряда имени Р.Люксембург В.Войцеховский был привязан к дереву и сожжен. 8 июля отряд белых окружил деревню Сувеко (25 км от Зарасая). Они схватили местного коммуниста К.Наркявичюса