Буржуазные националисты и немецкие интервенты боялись народного гнева. Они начали белый террор: с 13 февраля было введено военное положение в Каунасе и его окрестностях, в районе Мариямполе, а также в районе Алитуса. Начались аресты местных коммунистов и других левых активистов, прогрессивной интеллигенции. Часть из них были убиты. В Мариямполе отряд местных крайних националистов напал на лидеров местных коммунистов Ю.Зонелиса и Ю.Габриса, один из них был убит, другой тяжело ранен. Тяжелораненый Ю.Габрис был отвезен в помещение штаба националистов, там ему отрубили руку и он умер. Затем отрубили руку и от тела уже мертвого Ю.Зонелиса, а после этого тела мертвых коммунистов бросили в реку. Только через месяц соратники нашли их тела и похоронили на кладбище. 7 апреля группа белых карателей недалеко от Паневежиса схватила одного из лидеров местных коммунистов С.Лукшиса, его жестоко мучили и убили. Защитники советской власти решительно боролись с врагами. Так, на окраине города Тельшяй 18 февраля 1919 г. трое соратников – коммунист Ф.Пашкис, комсомольцы Н.Петрушин и С.Штуков – держались до последнего патрона и пали смертью храбрых. 13 июня 1919 г. в городе Вилкавишкис решением немецкого военного суда к смертной казни были приговорены 5 коммунистов из городка Кибартай – А.Тислява, К.Каченаускас, Й.Жюркус, К.Бурайтис, А.Рентелис. Только после решительных протестов общественности вместо смертной казни их приговорили к пожизненному тюремному заключению.
Основными противниками в боях были немецкие военные. Они были хорошо вооружены и многочисленны, в тяжелых боях литовские советские войска потерпели несколько поражений. 11 марта немецкие интервенты заняли Шяуляй, 14 марта – Радвилишкис, 22 марта – Йонишкелис, 24 марта – Пасвалис, а 26 марта они вошли в Паневежис. Но тогда принято решение остановить врага, был создан план действий, прибыло подкрепление: 15‑й Латгальский полк, дивизион артиллерии, большие отряды из Купишкиса и Йонишкелиса, основу которых составляли коммунисты. 2 апреля начато наступление на Паневежис. 4 апреля литовские советские войска заняли Паневежис и продолжили наступление. 12 апреля заняли Вабалнинкас, 21 апреля Пасвалис, а 1 мая освободили Йонишкелис.
В апреле все активнее стали действовать и польские националисты. 19 апреля рано утром польская кавалерия под руководством полковника П.Пражмовского ворвалась в Вильнюс и заняла