В начале нового столетия в Москве образовался кружок вольнодумцев протестантского направления. Участники его отвергали почитание «святых» и мощей, чудеса, пророчества, авторитет церкви, почитание икон, монашество и обрядовую сторону религии. Во главе довольно многочисленного кружка стоял лекарь Дмитрий Тверитинов, учившийся в Немецкой слободе и там проникнувшийся подобными взглядами; не воспринял он только спасение человека верою. Влияние кружка вскоре распространилось в московскую академию, где и был замечена духовной властью. Стефан немедленно пустил дело в розыск и повел его гласно, привлекая к раскрытию виновных и органы гражданской власти – Преображенский приказ.
Тверитинов и его единомышленник фискал Косов отправились в Санкт-Петербург с жалобой на Стефана. Там они нашли поддержку у князя Я. Долгорукова и влиятельного архимандрита Александро-Невского монастыря Феодосия Яновского, не сочувствующие Стефану. По царскому указу дело рассматривалось в Сенате. «Еретики» словесно отреклись от своего «лжеучения». В июне 1714 последовал царский указ об отсылке еретиков к Стефану для их духовного освидетельствования, «истинно ли они православную веру содержать твердо»; взятия с них письменного исповедания, и объяснения о том в торжественный день в соборной церкви. Стефан же имея на руках явно «еретические» сочинения Тверитинова, посчитал себя вправе снова поднять дело. Он велел разослать «еретиков» по разным монастырям, держа их там за крепким караулом; бумагу и чернила давать только Тверитинову, если он пожелает написать отречение от своих заблуждений.
В Сенате возникло дело по обвинению Стефана в неисполнении царского указа. Он был вызван в Сенат, где вновь рассматривалось дело Тверитинова. «Владыка» подвергался грубым нападкам сенаторов, за него заступились только Меньшиков и Апраксин. Вместе с тем, дело «еретиков» осложнилось происшедшим в Москве. 5 октября 1714 г., самый рьяный последователь Тверитинова, цирюльник Фома Иванов, находившийся под надзором в Чудовом Монастыре, приведенный в Благовещенскую Церковь, после заутрени, вынул косарь (широкий нож)