Прежний Монастырский Приказ был подчинен Синоду и превратился в его «камер-контору», что-то нечто экономического отделения. Сенат вначале старался играть начальствующую роль, но 6 сентября 1721 г. состоялся Высочайший указ о «Конференции Сената и Синода». Этому собранию надлежало рассматривать дела общие обоими учреждениями. Наконец, учреждение Синода было дополнено установлением должности обер-прокурора, который по обер-прокурорской инструкции 1722 г. есть «яко око Наше и стряпчий о делах Государственных»39, фактически являлся тем же прокурором только в церковной сфере. В обязанности ему вменялось наблюдать за всем ходом синодальных дел, замечать в делопроизводстве опущения, незаконные дела останавливать и доносить о них царю, делать Синоду предложения о потребных мероприятиях, представлять царю о синодских решениях и быть, вообще, посредником между Синодом и государственной властью. Ему были подчинены прокуроры духовных приказов и духовные фискалы или инквизиторы, рассылавшиеся для надзора за духовным управлением по городам и монастырям.
Таким образом, в области церковного управления Святейший Синод получил «честь, силу и власть Патриаршескую или, – по выражению Регламента, – едва ли не большую, понеже собор»40. На этом основании ему принадлежала в церкви власть законодательная – право, с согласия государя, восполнять свой Регламент новыми правилами, – власть, высшая судебная и административная, по всем частям церковной жизни. Вместе с тем, церковь становилась в полное подчинение государству. Епископы получали назначения от царской власти, а от них зависело назначение священников, архимандритов и игуменов, исключительно из числа учеников архиерейских школ; «а естьли Епископ неученаго во оной школе поставит в священники, или в монашеский степень, минув ученаго, и без вины правильной; то надлежит наказанию»