Создавая фундамент для теоретического обоснования новой веры, борьба со старой должна была получить еще более решительный характер. Синод учредил для этой цели «духовную инквизицию», Приказ для преследования раскольников. Во главе ее был поставлен протоинквизитор, игумен московского Даниловского монастыря Пафнутий, которому подчинялись провинциальные инквизиторы, а последним – уездные и городские инквизиторы. Инквизиция располагала особой воинской командой, и при ее помощи разыскивала и расправлялась с раскольниками: адептам старой веры вырывали ноздри, ссылали на каторгу, а их книги и иконы сжигали. Но это фискальное учреждение, неприятное и духовным властям, к тому же допускавшее различные злоупотребления своими полномочиями, вскоре после кончины Петра было упразднено, равно, как и заменены в 1726 г. на более приличествующие имена светские наименования духовных лиц Синода.
В целом духовное состояние русского народа в этот момент времени, несмотря на все реформы, Соловьев описывает так, соотнося это с назначением архиерея Дмитрия в Ростовские митрополиты: «Духовенство было невежественное, учить своих духовных детей не могло, и духовныя дети тем легче увлекались проповедию какого-нибудь раскольничьяго старца, который кричал против духовенства, отступившаго от правил старой веры»44. Сам Дмитрий отмечал: «Окаянное наше время!.. окаянное время, в которое так пренебрежено сияние слова Божия, и не знаю, кого прежде надобно винить, сеятелей или землю, священников или сердца человеческие, или тех и других