Функции администрации Особой экономической зоны в Калининградской области возложены на Министерство экономики Калининградской области.
Структура администрации, переименованная в Правительство Калининградской области, приобрела новую форму, закрепив за губернатором непосредственное управление всеми министерствами. Основной задачей нового правительства в части развития экономики стала реализация механизма управления экономикой региона на основе закона об ОЭЗ в Калининградской области.
К недостаткам новой структуры механизма управления можно отнести замкнутость управления советников губернатора исключительно на самого губернатора, что как показывает практика, часто делает не эффективным содержательную коммуникацию, противопоставление таких сфер деятельности, как социальная и территориальная, реального и экономического секторов, разделение управления по сферам деятельности и секторам экономики, разделение экономического сектора и службы по государственному регулированию цен и тарифов.
Также можно заметить, что в схеме в равном подчинении находятся четыре агентства, одно министерство, две службы. Туда же отнесены три таких сектора, как социальный, реальный и экономический. Стрелки показывают, что все это находится в подчинении губернатора, и он принимает решения по каждому вопросу этих секторов, так как обратная связь отсутствует.
Также из схемы следует, что именно губернатор является компетентным во всех вопросах, поскольку даже управление советников принимает только входящие сигналы.
Однако подобная схема не исключает функций оперативного вмешательства Правительства как в сам механизм управления развитием экономики Калининградской области, так и в процесс реализации экономической политики. Об этом свидетельствуют постановления Правительства Калининградской области, регламентирующих порядок оформления, выдачи и отзыва годовых сертификатов происхождения товаров в приложении к распоряжению Администрации Особой экономической зоны в Калининградской области от мая 2006 года №11-р о порядке оформления, выдачи и отзыва