Ежов обвинялся в том, что «подготовляя государственный переворот, готовил через своих единомышленников по заговору террористические кадры, предполагая пустить их в действие при первом удобном случае. Ежов и его сообщники Фриновский, Евдокимов и Дагин практически подготовили на 7 ноября 1938 года путч, который, по замыслу его вдохновителей, должен был выразиться в совершении террористических акций против руководителей партии и правительства во время демонстрации на Красной площади в Москве». Эта формулировка взята из обвинительного заключения.
Было и еще одно обвинение – в мужеложстве, которое наказывалось по тогдашним законам. В своих гомосексуальных связях Ежов сознался, назвав среди своих любовников ряд театральных и партийных деятелей. Их фамилии известны, но здесь не приводятся из этических соображений, тем более что не известно, было ли признание добровольным или полученным под пытками. Все перечисленные им лица были расстреляны, кроме одного, отправленного в психушку. Ежов обвинялся «в актах мужеложства в антисоветских и корыстных целях». На суде эти обвинения не звучали.
На следствии Ежов отвергал все обвинения, но после применения методов физического воздействия написал признательные показания по всем пунктам. На заседании ВКВС СССР (Военной Коллегии Верховного Суда) Ежов отказался от своих признаний в шпионаже, терроризме и заговоре, но своей ошибкой признавал то, что мало чистил органы госбезопасности от врагов народа.
16 января 1940 года Берия внес Ежова в список по 1-й категории, то есть в расстрельный список. 3 февраля ВКВС СССР Ежов был приговорен к высшей мере наказания и в ближайшие дни был расстрелян вместе со своими бывшими соратниками. Приговор был приведен в исполнение в Сухановской особой тюрьме. Когда его вели на расстрел, по утверждению свидетеля Судоплатова, Ежов пел «Интернационал». Его прах захоронен в могиле №1 крематория Донского кладбища – там же, где захоронен прах тех, кого расстреливали по его указанию или с его согласия.
Лаврентий Павлович Берия
Преемником Ежова стал Лаврентий Берия, до этого работавший первым секретарем ЦК Компартии Грузии, а позже – заместителем Ежова. Начиная с декабря 1938 года Берия начал широкомасштабную компанию по истреблению соратников Ежова по НКВД, судам и прокуратуре. Но наш непотопляемый Воскресенский остался на своем месте. Многие невинно осужденные, до которых дошли слухи о чистках в органах правосудия, воспрянули духом в надежде на нового Наркома.
29 сентября 1938 года вновь создано ГУГБ, которое возглавил Меркулов В. Н. Он подчинялся Берии, который возглавлял всю структуру НКВД. Лаврентий Павлович параллельно с должностью Наркома внутренних дел в 1941 году получил звание генерального комиссара государственной безопасности, а в 1945 году – Маршала Советского союза. С 1941 года Берия был заместителем Председателя Совнаркома