Иван Грозный оставил сыну непростое наследство: истощенное войнами и опричниной хозяйство, напряженные отношения с Речью Посполитой и Крымским ханством. Казна опустела, поэтому действие заповедных лет было продлено, пятилетний срок сыска беглых крестьян продолжался оставаться в силе.
В годы правления Федора Ивановича в условиях относительной политической стабильности экономика России стала преодолевать негативные последствия опричнины. Развернулось городское и сельское строительство, возникали новые города и села в Поволжье и Сибири. Каменный приказ вел работу по перестройке устаревших крепостных стен в Москве, Астрахани, Смоленске. В столице были возведены известняковые, обложенные кирпичем стены и 29 башен Белого города, а также дерево-земляная линия укреплений, охватившая весь город по обоим берегам Москвы-реки.
Крупным событием стало учреждение в России патриаршества. За полгода до этого в Москву прибыл константинопольский патриарх Иеремия. С его благословения на церковном Соборе 1589 г. и был избран первый русский патриарх, которым стал московский митрополит Иов. Учреждение патриаршества свидетельствовало о возросшем международном авторитете страны. Русская церковь не только перестала формально подчиняться Константинополю как его митрополия, но стала самым крупным в мире центром православия. Русский патриарх утверждался царем всея Руси.
В царствование Федора Ивановича были предприняты шаги к восстановлению позиций России в отношениях с Швецией и Речью Посполитой. Единственная при Федоре Ивановиче война с Швецией завершилась подписанием в мае 1595 г. Тявзинского мирного договора, по которому Россия вернула себе города Ивангород, Ниеншанц, Орешек (Шлиссельбург), Ям, Копорье и волость Корелу, часть побережья Балтики, правда, без гаваней. Это явилось серьезным успехом русской дипломатии. Выгодным для России стало заключение перемирия с Речью Посполитой, не оставлявшей своих притязаний на западные русские земли. Не увенчался успехом и поход крымского хана Казы-Гирея на Москву в 1591 г.
В 1591 г. произошло трагическое событие в Угличе, где после смерти Ивана Грозного жил со своей матерью его младший сын царевич Дмитрий. В мае 1591 г. он погиб при неясных обстоятельствах. Одни уверяли, что ребенок страдал падучей болезнью (эпилепсией) и припадок произошел во время игры «в тычку». Другие считали, что наследника убили. В этом случае подозрения падали прежде всего на Бориса Годунова, поскольку Дмитрий был главным препятствием на его пути к власти. Правительственная комиссия во главе с боярином В. И. Шуйским, направленная в Углич, подтвердила трагическую случайность гибели царевича Дмитрия.
7 января