Летом 1607 г. в г. Стародубе недалеко от Брянска объявился новый самозванец, который принял имя «царя Дмитрия», будто бы второй раз спасшегося от убийц – в Угличе и Москве. В январе 1608 г. Лжедмитрий II двинулся походом на Москву. Главную часть его войска составляли хорошо вооруженные отряды, непрерывным потоком шедшие из Польши. В его армию стекались также крестьяне, представители посадских низов, привлеченные щедро раздававшимися демагогическими обещаниями самозванца. В июне 1608 г. Лжедмитрий II пытался взять столицу штурмом, а после неудачи расположился лагерем в подмосковном селе Тушине, почему был прозван «тушинским вором». Осада Москвы длилась 21 месяц, но успеха не принесла. Самозванец при поддержке поляков создал в Тушине параллельные государственные структуры – Боярскую думу и приказы; Марина Мнишек «признала» в нем своего супруга.
Тем временем царь Василий Шуйский предпринимал дипломатические усилия для привлечения иностранной помощи к борьбе с самозванцем, а главное – для спасения своей власти от широко разлившегося по всей стране народного движения. В 1609 г. был заключен Выборгский договор со Швецией, по которому Россия в обмен на присылку шведских военных формирований отказывалась от претензий на Прибалтику и уступала Корелу. Однако, не оказав ощутимой помощи, шведы вскоре сами попытались отторгнуть Новгородскую землю и некоторые другие северные территории.
Речь Посполитая, находившаяся в состоянии войны со Швецией, воспользовалась Выборгским договором как поводом к открытой интервенции против России. Осенью 1609 г. Сигизмунд III осадил Смоленск. Тушинский «царь» полякам уже был не нужен, и король приказал находившимся в войске самозванца шляхтичам оставить его и присоединиться к основным польским силам под Смоленском. Брошенный на произвол судьбы своими хозяевами, Лжедмитрий II бежал в Калугу и 11 декабря 1610 г. был там убит. Бояре и дворяне, поддерживавшие второго самозванца, отправили под Смоленск посольство, целью которого было призвать на русский престол сына Сигизмунда III королевича Владислава.
Русским войском в Смоленске руководил племянник царя Василия князь М. В. Скопин-Шуйский. Он показал себя талантливым военачальником, добился ряда успехов, но 23 апреля 1610 г. неожиданно скончался при невыясненных обстоятельствах (возможно, был отравлен). Новый командующий – брат царя Василия князь Д. И. Шуйский не проявил военных дарований и 24 июня 1610 г. потерпел от поляков сокрушительное поражение при селе Клушине в 150 километрах от Москвы. Столица вновь осталась беззащитной.
Клушинский разгром окончательно подорвал позиции Василия Шуйского. Группа заговорщиков во главе с рязанским дворянином Захарием Ляпуновым 19 июля 1610 г. свергла царя с престола и насильственно постригла в монахи.