В начале XVI в. формируется иерархическая система высших государственных чиновников. Среди других наиболее престижным для бояр являлся чин конюшего, который по традиции являлся высшим думным чином. Ему подчинялись и кравчий, подносивший еду и питье великому князю, и оружничий, отвечавший за доспехи и работу мастеров-оружейников, и сокольничьи, ответственные за охоту с ловчими птицами, и постельничьи. Всем хозяйством великого князя – Большим дворцом управлял дворецкий, или дворский.
В систему государственного аппарата входили государева казна, областные дворцы. Во главе областных дворцов, штат которых в целом копировал организацию Большого дворца, стояли особые дворецкие. Такая структура органов власти возникла в связи с необходимостью управления землями, незадолго до этого подчиненными великому князю, затем – царю. К середине XVI в. существовали Новгородский, Тверской, Рязанский, Угличский областные дворцы. Со временем, по мере централизации государства, меняется и система управления. Особую роль приобретает Государева казна, в которой служили чины придворной администрации – дьяки. Чиновники казны ведали финансами государства и отчасти делами внешней политики. Назначения на эти посты очень редко происходили в соответствии с принципами местничества. Как правило, это были люди не столько знатного происхождения, сколько близкие к великому князю. Казначею помогал печатник, ведавший государевой печатью.
Из Государевой казны выделились будущие органы исполнительной власти – столы, а затем приказы.
Дьяки центрального аппарата ведали отдельными ветвями государственного управления или дипломатическими делами, организацией военной службы, ямской службой и т. д. Во главе столов и приказов стояли назначаемые великим князем (позднее царем) бояре. Так постепенно вместо территориального складывалась отраслевая структура управления.
Местное управление еще долгое время носило на себе печать феодальной раздробленности. В уезды великим князем посылались наместники из бояр или княжат. Уезды делились на волости, которые управлялись волостелями из людей не столь знатных. За службу наместники получали с местного населения корм, т. е. определенное материальное содержание. Для ограничения произвола кормленщиков от имени великого князя составлялись кормленные грамоты.
В XVI в. появляются должности городовых приказчиков, места которых занимали дворяне. Они отвечали за сбор податей, исполнение населением натуральных повинностей, благоустройство городов.
Постепенно завершается формирование государственного управления в виде приказов. К середине XVI в. существовало уже примерно два десятка приказов. Часть их ведала отраслями государственного управления – Посольский, Поместный, Разрядный приказы; другие – отдельными регионами – Казанский, приказ Сибирского