В 1636 году Рембрандт создаёт офорт – портрет своего друга, выдающегося мыслителя Менаше бен Исраэля, чья семья бежала от испанской инквизиции. Раввин, исследователь и издатель, в Амстердаме он открыто исповедовал иудаизм. Его учеником стал философ Барух Спиноза.
В 1642 году Рембрандт получил заказ на один из шести групповых портретов амстердамских мушкетёров для нового здания Стрелкового общества. В этой четырёхметровой картине ‒ самого масштабного из своих произведений, модели были изображены весьма непосредственно, в движении, что вовсе не понравилось заказчикам, многие из которых оказались при этом задвинутыми на задний план. Столь смелое сочетание группового портрета с военными воспоминаниями Нидерландской революции отпугнуло некоторых заказчиков.
Картина успеха не имела. Каковы бы ни были причины охлаждения амстердамской публики к Рембрандту, результатом перемены во вкусах стало угасание его славы и постепенное обнищание. После «Ночного дозора» в мастерской Рембрандта остаются единичные ученики.
В конце 1640-х Рембрандт сошёлся со своей молодой служанкой Хендрикье Стоффелс, образ которой мелькает во многих портретных работах этого периода: «Флора» (1654), «Купающаяся женщина» (1654), «Хендрикье у окна» (1655). Приходской совет осудил Хендрикье за «греховное сожительство», когда в 1654 году у неё с художником родилась дочь Корнелия. В эти годы Рембрандт отходит от тем, имеющих грандиозное национальное либо общечеловеческое звучание. Живописные работы этого периода немногочисленны.
В 1653 году, испытывая материальные трудности, художник передал почти всё своё имущество сыну Титусу, после чего в 50 лет заявил в 1656 г. о банкротстве. После распродажи в 1657‒58 гг. дома и имущества художник перебрался на окраину Амстердама, в еврейский квартал, где провёл остаток жизни. И вновь его моделями стали соседи ‒ евреи. Он написал 15 таких портретов (а всего в наследии художника 30 «еврейских» портретов – пятая часть его портретной галереи), занимающих наиболее почетные места в крупнейших художественных собраниях мира.
Евреи, их униженное положение в обществе – все это становится ему особенно понятным и близким. Именно в последние годы жизни художник создает свои наиболее значительные шедевры – портреты пожилых евреев, портреты-биографии. Возможно, в их судьбах он видел и отражение своей судьбы.
Он тяжело пережил и смерть 26-летнего Титуса – сына Саскии, умершего от чумы вскоре после женитьбы. Рембрандт умер в одиночестве 4 октября 1669 года в Амстердаме в возрасте 63 лет. Лишь два друга не покидали его ни в богатстве, ни в бедности. Одним из них был аптекарь Абрахам Франсен – он запечатлен в одном из офортов. Рембрандт был похоронен в безымянной