Келгусида Жаҳонгир номи билан танилган ўғли шаҳзода Салимнинг дунёга келиши муносабати билан Акбар авлиё Салим Чиштий яшайдиган Секри қишлоғидаги қирга гўзал бир шаҳар бунёд эттирди ва уни «Фатеҳпур Секри» (Ғолиблар шаҳри) деб атади. Бу шаҳар қурилиши ўн тўрт йил давом этди ва 1585 йилгача салтанат пойтахти вазифасини бажарди. Ундан кейин пойтахт яна Аграга кўчирилди. Акбардан кейин тахтга чиққан шаҳзодалар Секрида турмади-лар ва шаҳар ҳозиргача ўша бунёд этилган пайтда қандай бўлса, ҳозир ҳам шундай кўринишда сақланиб қолган. Унинг диққатга сазовор ёдгорликларидан бири улкан масжидга кираверишдаги очиқ майдонда, Шайх Салим Чиштий мақбараси рўпарасида қад кўтариб турибди.
Акбар ҳаётининг сўнгги йилларида унинг арзанда ўғли Салим бир неча бор отасига қарши исён кўтарди. У шу даражада такаббур ва шафқатсиз эдики, отасининг яқин дўсти, маслакдоши, аллома Абулфазлни шафқатсизларча ўлдиртириб юборди. Давлат манфаати ва келажагини ўйлаб Акбар ўғлининг бу қалтис ҳаракатини ноилож кечирди ва умрининг охирида, 1605 йилнинг октябрь ойида уни тахт вориси деб эълон қилди. Подшоҳ бу вақтда оғир ичбуруғ хасталигидан азият чекарди. Кейинчалик Салим кўрсатган шафқатсизлик намуналари бобурийлар салтанатининг инқирозга юз тутиши ва парчаланиб кетишининг асосий сабабларидан бўлган тахт учун биродаркушлик жанглари оқибатида мамлакат қонга беланди.
Жаҳонгир отаси вафотидан сўнг ўттиз олти ёшида тахтга чиқди. Акбарнинг биографиясини чуқур ўрганган тарихчи Винсент Смитнинг ёзишича, «Жаҳонгир сиймосида мулойимлик ва шафқатсизлик, адолат ва ғирромлик, аслзодалик ва қўполлик, донолик ва болалик аломатларини кузатиш мумкин» эди.
Унинг ҳукмдорлик даври катта ўғли шаҳзода Хусравнинг ўзига қарши исёни билан бошланиб, кейинчалик Шоҳ Жаҳон номи билан тахтга чиққан учинчи ўғли шаҳзода Хуррам исёни билан тугади. Шундай қилиб Жаҳонгир ўзи қазиган чоҳга ўзи йиқилди.
Шаҳзода Хусравнинг онаси ҳам Жаҳонгирнинг онаси каби ражпут маликаларидан, яъни Жайпур вилояти ҳокимининг қизи эди. Жаҳонгир ҳали шаҳзода Салим эканида, яъни тахтга ўтирмасидан аввал ўғли Хусрав билан тахт илинжида ўзаро ғанимлик муносабатларида эди. (Чунки ўғли Салимнинг хурмача қилиқларидан безор бўлган Акбаршоҳ невараси шаҳзода Хусравни валиаҳд сифатида ўз ўрнига тахтга ўтқазиш ниятида бўлганини Салим сезиб қолган эди. Изоҳ бизники – Ғ.С.) Шаҳзода Хусрав билими ва яхши тарбияси билан сарой аъёнлари ўртасида катта ҳурматга сазовор бўлган ва унинг тарафдорлари Жаҳонгирнинг такаббурлигидан безор бўлиб Хусравнинг номзодини қўллаб-қувватлар