При обсуждении представленных проектов на заседаниях V отдела Предсоборного Присутствия проект МДА вызвал серьезную критику. При этом встали и общие вопросы. Подразумевает ли образование определенную последовательность изложения не только внутри одного предмета, но и внутри всей области науки, и должна ли высшая школа давать студенту эту последовательную систему? Может ли практическая задача – подготовка выпускника к деятельности в конкретной узкой области – быть положена в основу образовательного процесса, или же она должна достигаться специальными занятиями и семинариумами, не деформирующими фундаментальное богословское образование? Что должна ставить во главу угла высшая богословская школа: научное богословское образование или удовлетворение практической потребности в тех или иных узких специалистах[464]?
Еще одним камнем преткновения на заседаниях V отдела Предсоборного Присутствия стал вопрос о методологии научно-богословских исследований, причем и применительно к богословию в целом, как особой области науки, и при обсуждении внутрибогословской специализации. Могут ли разноситься по разным отделениям сравнительное богословие и история западных исповеданий, метафизика и история философии и др., исходя из принципа деления на систематические и исторические методы исследования[465]? На обсуждение методических проблем выводил и вопрос о названиях некоторых дисциплин. Наиболее ярким примером была патристика, имевшая на своем научно-учебном пути еще три названия: историческое учение об отцах Церкви, патрология и история древней христианской литературы. Какое из них точнее отражало суть предмета, как это должно было сказаться на принципах преподавания и методах исследований?
Отчасти примкнул к обсуждению проблем методологии и вопрос о небогословских науках в духовных академиях. Н. Н. Глубоковский